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#源代码#通过处理PROSITE数据资源
Peaker
PROSITE是一个描述了蛋白domain,蛋白,功能结构域以及
相关模式和蛋白谱信息的整合数据资源。主页界面如下所示
这个数据库通过PROSITE数据接口,地址为
或者是分布在单个的plaintext文本中,地
址为/
这个文件可以通过python语言中Prosite包的parse函数来进行解
析。具体用法如下
从Bio库中调用Prosite包,然后打开文件,并传递给参数handle,
通过parse进行解析,获得record记录数据,通过for循环实现一个迭
代,在每一条记录中打印出accession,name,description,pattern,created,
pdoc等信息。输出结果如下
这是第一个结果,包含6行outputresult,分别对应了accession,
name,description,pattern,created,pdoc。除此以外在迭代过程中还
输出了其他record记录,如下面两个结果
通过python语言提供的Prosite这个包可以方便快捷的通过
PROSITE数据库接口实现数据提取,分析等过程。
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