T∕CROPSSC 010-2024 野生稻基因型（SNP）鉴定规范.pdfVIP

ICS65.020.99

CCSB20

中国作物学会团体标准

T/CROPSSC010—2024

野生稻基因型（SNP）鉴定规范

Specificationforidentification(SNP)ofwildricegenotypes

2024-04-15发布2024-04-15实施

中国作物学会发布

T/CROPSSC010—2024

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定

起草。

请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。

本文件由中国作物学会提出并归口。

本文件起草单位：中国农业科学院作物科学研究所、崖州湾国家实验室、三亚中国农业科学院国家

南繁研究院。

本文件主要起草人：郑晓明、钱前、乔卫华、杨庆文、周雷娜、郭文龙、王银婷、李梓萱、王恺、

温思钰。

T/CROPSSC010—2024

野生稻基因型（SNP）鉴定规范

1范围

本文件规定了野生稻基因型（SNP）鉴定的鉴定前准备、基于高通量测序的基因型鉴定、数据分析

和构建分子身份证的要求。

本文件适用于二倍体野生稻基因型的鉴定。

2规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，

仅日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文

件。

GB/T18284快速响应矩阵码

GB/T18347128条码

NY/T2594植物品种鉴定DNA分子标记法总则

3术语和定义

3.1

测序深度sequencingdepth

测序得到的碱基（bp）总量与基因组（Genome）大小的比值。

3.2

微效等位基因频率minorallelefrequency

在给定群体中的不常见的等位基因的发生频率。

3.3

杂合度heterozygosity

个体的基因组中存在不同等位基因的程度。

3.4

滑窗slidingwindow

在序列或数据集上以一定的步幅滑动的窗口。

3.5

缺失率deletionrate

某一基因或染色体上缺失突变的发生频率。

1

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3.6

质量值genotypequality

在DNA测序过程中为每个测序碱基分配的质量分数。这个分数用于表示每个测序碱基的测序可靠

性和准确性。

4鉴定前准备

4.1样品制备

按照样品顺序采集无病虫害的新鲜幼嫩植株叶片，叶片应取自同一个分蘖，并挂牌标记，用无菌水

或75%乙醇擦拭或冲洗干净表面，吸水纸吸干表面液体，液氮速冻保存。一部分叶片组织用于提取基因

组DNA，其余部分在–80℃冷冻条件下备份保存。

4.2DNA提取

4.2.1按NY/T2594的要求，用CTAB法从新鲜幼嫩叶片中提取基因组总DNA，对提取好的DNA样

品进行1%琼脂糖凝胶电泳（5V/cm），总DNA样品应表现为一条迁移率很小的整齐条带，分子量大

小约为22kb~23kb，以确认DNA降解水平较低，点样孔清晰，无拖尾现象和RNA污染。

4.2.2取均匀混合后的DNA样品2μL，使用ThermoScientificNanoDrop微量分光光度计检测DNA

样品纯度，仪器应未提示有