王俊基因大数据的分析者.docxVIP

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王俊基因大数据的分析者

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“不管是谁最终引领,生命科学这个浪潮都会往前走,我更希望我们能够在其中起到引领作用”

夏静好

深圳华大距机场60公里,那是由旧鞋厂改造的一座小楼,小楼里的条幅说“数据才是硬道理”,小楼后面的山上,这群建筑的二期工程正在施工。3年前,考察过这个地方后,《经济学人》在报道中写下:“基因组学的下一个进步将发生在中国。”不过,直到今天,出租车司机们大多还不认识这个地方。

访谈在论文墙(张贴了六十几篇顶尖杂志的学术论文)背后的会客室进行——论文墙上多是顶尖学术杂志的封面,这是从这里曾发表过的五百多篇论文中精选出来的。王俊穿件个印有“华大”字样的紫红色Polo衫,平头,高个,语速快,精力充沛,篮球场上,这是个得分型选手。根据这位37岁的华大基因研究院院长的微博,这些日子,他先是在旧金山跟人讨论“预测天气与预测乳腺癌患者存活时间哪一个更准”,然后在网上提醒到四川地震灾区参与救助的华大技术人员“警觉任何可能发生的疫情,也要注意水源、食物的监控”,之后上飞机回国,一早到深圳,把行李丢在自己的卡座,去开院务会议,中午接受采访,下午先处理文件,然后飞杭州,去机场的路上参加一场电话会议,飞机上修改PPT,第二天在一场关于流行病学的杭州Workshop上讲课。

这位生物信息学家认为,基因组学研究其实只有3件事:读、懂、应用。对于测序,他说:“这本身只是个技术,这个技术希望达到的目的是对人类自身和我们身边的世界在基因水平上的认识”。这种基于基因序列的认识与过去如此不同,“如果说传统育种技术是在鱼塘里钓到了鱼,或是拉网捕鱼;我们则是把水放干,让大家看到所有的鱼。”

去年12月,王俊入选《自然》杂志评出的“2012世界科学界年度十大人物”,他是惟一的华人。《自然》把相关报道文章定名为:“GenomeJuggernaut”,旁白说:“中国测序研究重地的领导者,展示了华大基因在基因组研究方面的雄心抱负。”如何翻译“GenomeJuggernaut”?王俊自己认可的译法有点奇怪:“基因组剑圣。”

既有经济意义,又有科学价值

王俊与基因组学研究结缘,是个无心插柳的故事。

时光回到1999年,像往常一样,王俊在操场上打篮球,一个名叫杨焕明的人来到北大进行讲座。讲座结束,杨焕明和北大生科院博导李松岗教授进行交流,并希望有既懂计算机又懂生物的年轻学生参与到自己的项目中来。李松岗教授想到了自己的学生王俊,这位读研究生二年级学生基础课已修完,正要选择研究题目。

杨焕明准备加入人类基因组计划。那是与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并列的三大科学计划之一,该项目计划花30亿美元、十多年时间测出人类的所有基因,像医学里画解剖图一样,画出人类的基因地图,以有助于我们认识疾病、长寿、衰老等生命现象的机制,为疾病治疗提供科学依据。同年,北京华大基因研究中心成立并代表中国参加人类基因组计划。

当李教授找到王俊的时候,这个年轻人仍在球场上。据王俊回忆,最初他对去遗传所人类基因组中心并没有显示出特别的兴趣,后来,“李老师激将,你想去人家还不一定要呢”,就去了。

“我这人,请将不如激将。”王俊说。在这个大项目中,既有生物背景又有计算机和数学能力的王俊迅速找到了自己的位置,这个20岁刚出头的研究生成了这里生物信息平台的主力。

到了2001年,华大所承担的人类基因组任务已进入尾声,目光移向了水稻。水稻是最重要的粮食作物之一,它的基因组是禾本科粮食作物中最小的,易于进行遗传操作,是禾本科植物基因组研究中最常用的“小白鼠”。对这个作物的测序,既有经济意义,又有科学价值。

当时的不利条件之一是,日本牵头的“国际水稻协作组织”刚刚宣布年底将完成水稻基因组草图。在这个发展飞快、竞争激烈的基因研究领域,比对手晚一步,“价值就会大打折扣。”根据《科学》杂志的报道,“用74天的时间,华大完成了水稻的测序,数据迅速送往信息分析团队……”最终,比对手提前了约一个月,华大发表了自己的结果。

在对这个团队的特写中,《科学》提到了实验室中那些“年轻而不知疲倦”的面孔,那些写着“速度、速度、速度”的横幅,以及杭州华大计算机室一角的一把锄头,意思是“数据挖掘”。

中国的实验室令来自西方的记者吃惊,他写道,“这里的实验室氛围更像大赛前的美国中学。”在那篇报道中,一位普度大学的教授评价:“中国人展示了人类能做到多快”,几乎负责筹建了杭州华大的王俊形容:“像投入战斗一样。”

在《水稻基因组序列草图》近百位作者中,王俊是第三位并列第一作者,这个尚未毕业的学生第一次显露了他在基因研究领域的潜质——根据当时的测序方法,整条的基因被随机地切成数百个碱基的片段,只要片段的数目足够多,切得足够随机,就可以借助片段头尾的相互覆盖把它们拼接起来

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