高通量测序简介课件.pptxVIP

主要内容;高通量测序（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序（“Next-generation”sequencing），可一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序；

可以对一个物种的基因组和转录组进行深入、细致和全貌的分析，所以又被称为深度测序（Deepsequencing）。

;高通量测序的发展;高通量测序的主要代表平台有:

罗氏的(Roche)的454测序仪（RocheGSFLXsequencer）;

Illumina的Solexa基因组分析仪（IlluminaGenomeAnalyzer）;

ABI的SOLiD测序仪（ABISOLiDsequencer）;

ThermoFisher的离子半导体测序仪（IonSemiconductorsequencer).;Illuminasolexa;;簇生成，模板变性;桥式扩增;并行合成测序法(SBS,Sequencing-By-Synthesis)和可逆性末端终止技术（ReversibleTerminatorChemistry）;信号收集;读取碱基序列;测序通量;测序通量;Eachtileisimaged4timespercycle

通过带oligoT的磁珠分离出mRNA

CircularRNA测序

ThermoFisher的离子半导体测序仪（IonSemiconductorsequencer).

CircularRNA测序

自然情况下，DNA聚合酶将一个核苷酸渗入到DNA分子中就会释放出一个H+，导致局部可检验的PH值发生变化，被离子传感器检测到，从而转换为数字信号。

在每个循环过程中每一个簇只对应一张图像

N/A:不适用。

近年的研究表明，circRNA分子富含miRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；

超高的通量，有望突破人类全基因组测序的$1000大关

Cycle1: Addsequencingreagents

超高的通量，有望突破人类全基因组测序的$1000大关

高通量测序的主要代表平台有:

Eachcolumncontains60tiles

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CleaveTerminatorandDye

DetectSignal

Nimblegen、AgilentIllumina

自然情况下，DNA聚合酶将一个核苷酸渗入到DNA分子中就会释放出一个H+，导致局部可检验的PH值发生变化，被离子传感器检测到，从而转换为数字信号。

自然情况下，DNA聚合酶将一个核苷酸渗入到DNA分子中就会释放出一个H+，导致局部可检验的PH值发生变化，被离子传感器检测到，从而转换为数字信号。

Initialextension

SmallRNA测序;

;PCR产物纯化;接头连接;片段筛选;样本混池;克隆扩增;??理想的扩增情况;ISP富集（IonSphereParticalEnrichment）;测序;碱基识别;IonTorrentPGM;三、高通量测序部分应用;全基因组测序;基因组测序策略;外显子组测序;文库构建;mRNA测序(mRNAseq)是指利用高通量测序技术对cDNA进行测序从而得到一个样品中基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。;文库构建;LncRNA是一类长度超过200nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。

lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA。

;文库构建;CircularRNA测序

近年的研究表明，circRNA分子富含miRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；

通过带oligoT的磁珠分离出mRNA

Firstbaseincorporated

Eachlanecontains2columns

CircularRNA测序

DetectSignal

Eachtileisimaged4timespercycle

hybridization

高通量测序（High-throughputsequencing）又称“下一代”测序（“Next-generatio