圆锥南芥叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析.pdf

分子植物育种，2022年，第20卷，第7期，第2261-2270页

MolecularPlantBreeding,2022,Vol.20,No.7,2261-2270

研究报告

ResearchReport

圆锥南芥叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

1111,2*1

罗茜方正余婕翁庆北朱斌

1贵州师范大学生命科学学院,贵阳,550025;2黔南民族师范学院,都匀,558000

*通信作者,wengqb@126.com

摘要为探究圆锥南芥(ArabispaniculataFranch)叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性，本研究利用

MISA、CUSP和CodonW等软件对圆锥南芥的叶绿体基因组的SSR位点、系统发育及密码子偏好性进行分

析。研究结果表明，圆锥南芥的完整叶绿体基因组长度为153541bp，基因组平均GC含量为36.41%，其IR、

LSC及SSC区长度分别26419bp、82679bp及18024bp。注释得到128个基因，包括85个蛋白编码基因，

35个tRNA基因和8个核糖体rRNA基因。SSR分析共发现67个SSR位点，绝大多数属于单碱基重复的

AT类型。系统进化分析表明，圆锥南芥与所选的两个南芥属物种遗传距离较远，单独聚为一支。密码子偏

/

好性分析显示，圆锥南芥叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变双重因素的影响，共筛选

出22个最优密码子，其中21个(95.45%)以AU结尾。本研究可为圆锥南芥系统发育、叶绿体基因组密码子

/

优化、外源基因表达效率以及进一步的遗传改良和育种相关研究提供参考依据。

关键词圆锥南芥;叶绿体基因组;密码子偏好性

AnalysisofChloroplastGenomeCharacteristicsandCodonUsageBiasof

ArabispaniculataFranch

LuoXi1FangZheng1YuJie1WengQingbei1,2*ZhuBin1

1SchoolofLifeScience,GuizhouNormalUniversity,Guiyang,550025;2QiannanNormalUniversityforNationalities,Duyun,558000

*Coresspondingauthor,wengqb@126.com

DOI:10.13271j.mpb.020.002261

AbstractToexplorethefeaturesandcodonuseofArabispaniculataFranchchloroplast(cp)genome,theMIS-

A、CUSPandCodonWsoftwarewereemployedtoanalyzethecodonusagebiasofthecpgenomesprotein-coding

sequenceinArabispaniculatainthisstudy.Theresultsshowedthatthelengthofthecompletecpgenomewas

153541bp,andtheaverageGCcontentwas36.41%,amongwhichtheIR,SSCandLSCregionswere26419bp,

18024bpand82679bp.Atotalof128geneswereidentifiedinthiscpgenome,comprisingof85protein-coding

genes,35tRNAsand8rRNAs.And67simplesequencerepeats(SSRs)werealsoidentified,mostofwhichwerebi-

asedtowardsATmononucleotide.Phylogeneticanalysisshowe