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生物信息学复习题

一、

(1)bioinformatics(生物信息学):P3

广义上，指运用数学、计算机科学和生物学工具对生物学数据进行、检索、分

析和处理，以达到揭示生物数据中的生物学内涵的目标。

狭义上，利用计算机技术作为研究和工具对生物学数据进行管理和分析。

(2)二级数据库

在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生

物学知识和信息的进一步的整理。

FASTA序列格式,

genbank序列格式,

(13)Entrez，BLAST，查询序列（query），打分矩阵（scoringmatrix），空位（gap），

空位罚分，E值,低复杂度区域，点矩阵（dotmatrix），多序列比对，分子钟，

系统发育（phylogeny），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有

根树，除权配对算法（UPGMA），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构

树，一致树（consensustree），bootstrap，开放阅读框（ORF），子偏性（codon

bias），预测的从头分析法，结构域（domain），超，模体（motif），序

列表谱（profile），PAM矩阵，BLOSUM，PSI-BLAST，RefSeq，PDB数据库，GenPept，

折叠子，TrEMBL，MMDB，SCOP，PROSITE，GeneOntologyConsortium，表谱

（profile）。

二、问答题

1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？

2）试述生物信息学研究的基本方法。

3）试述生物学与生物信息学的相互关系。

4）国家生物技术信息（NCBI）的主要工作是什么？请列举3个以上NCBI

的数据库。

5）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？

6）BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途

什么？

7）简述BLAST搜索的算法。

8）什么是物种的标记序列？

9）什么是多序列比对过程的三个步骤？

10）简述构建进化树的步骤。

11）简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

12）简述邻接法（NJ）的算法思想。

13）简述最大简约法（MP）的算法思想。

14）简述最大似然法（ML）的算法思想。

15）UPGMA构树法不精确的是什么？

16）在MEGA2软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中2种，解释其

含义。

17）试述序列分析的流程及代表性分析工具。

18）如何用BLAST发现新？

19）试述SCOP蛋白质分类方案。

20）试述SWISS-PROT中的数据。

21）TrEMBL哪两个部分？

22）试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。

三、操作与计算题

1）如何获取号为U49845的genbank文件？解释如下genbank文件

的LOCUS行提供的信息：

LOCUSSCU498455028bplinearPLN21-JUN-

1999

2）利用Entrez检索系统，对数据搜索，输入如下信息，将获得什

么结果：

AF114696:AF114714[ACCN]。