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Pymol学习笔记（一）：简介安装

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表达该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表达该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。

自2023年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（涉及beta版）采用限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。但是源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。假如你和我同样，不想为此花钱的话：

假如你是Windows用户，一方面下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且保证对的安装以下模块：

C++(gccorg++packagename)

Python

OpenGL

PNG

然后在源代码目录里面依次运营：

假如你是Linux用户，一方面保证以下东东已安装：

Python

Pmw

OpenGLdriver（我用的是NVdia）

libpng

Subversionclient（下载源代码需要）

然后下载Pymol的源代码

$mkdirpymol-src

$svnco

然后进入源代码目录

#cdpymol-src

开始依次编译

#pythonsetup.pyinstall

#pythonsetup2.pyinstall

拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了

#cp./pymol/usr/bin

假如运营时得到错误信息ImportError:NomodulenamedPmw，那么你应当运营

#pythonsetup2.pyinstallpmw

假如你在使用Gentoo，请保证编译python时添加了tcl/tk支持，否则运营是会提醒错误ImportError:Nomodulenamed_tkinter

#USE=tcltkemergepython

好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

Pymol学习笔记（二）：基本的鼠标操作

这里重要介绍一下Pymol的基本操作，涉及窗口菜单、加载文献、图像的基本鼠标操作等等。

当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：

该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（InternalGUI)。Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL提醒符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完毕一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完毕，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完毕，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。

加载文献，有二种方法：

在ExternalGUI中选择File－Open

使用命令行：

loadfilename

例如我们现在从.org上下载了一个离子通道蛋白的pdb文献（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：

load2vl0

该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：

基本的图像操作:

是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是由于蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文献时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到美丽的清楚的蛋白质三维结构图。

先说说鼠标吧。

任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。

放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。

移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。

设定图像旋转中心：Ctrl＋Shift＋