CRISPRCas9技术介导猪基因组单碱基编辑效率的研究.pdfVIP

CRISPR/Cas9技术介导猪基因组单碱基编

辑效率的研究

作者：张婷婷陈涛李燕莉杨漫漫魏强王然李林李勇

来源：《湖北农业科学》2020年第18期

摘要：利用國际上最新的两种基于CRISPR/Cas9的BE3（Cytosinebaseeditor，CBE）和

ABE7.10（Adeninebaseeditor，ABE）单碱基修饰技术对猪基因组靶基因位点进行编辑效率的

分析研究。设计、合成并构建4个猪基因组靶基因位点gRNA表达载体，分别与CBE或ABE

共转染PK15细胞，继续培养48h，结合二代测序技术测定单碱基替换效率和indels发生率。

结果表明，单碱基编辑系统BE3和ABE7.10对猪基因组靶位点碱基修饰的活性编辑窗口主要

分别为5个核苷酸和4个核苷酸;两套单碱基编辑系统主要对编辑窗口内的目标碱基进行单碱

基转换而非indel;两套单碱基编辑系统对猪基因组碱基置换有一定偏好性，其中CMAH、

MC1R（1-2）、MC1R（2-1）基因编辑窗口内C→T的效率分别为2.2%、0.4%和1.3%;猪

GGTA、MSTN-2窗口内A→G的效率分别为1.4%、1.4%。表明单碱基编辑系统BE3和

ABE7.10均能够对猪细胞的基因组靶位点序列进行有效的单碱基置换。

关键词：猪;单碱基编辑;CRISPR/Cas9;BE3;ABE7.10

中图分类号：Q812文献标识码：A

文章编号：0439-8114（2020）18-0143-07

：DOI10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.18.029开

ProgrammablebaseeditingefficiencystudyofCRISPR/Cas9-guided

DNAbaseeditorsinpiggenome

ZHANGTing-ting1，2，CHENTao2，3，LIYan-li1，2，YANGMan-man2，3，

WEIQiang2，3，WANGRan2，3，LILin2，3，LIYong1，2，3

（1.BGI-ShenzhenSanshengyuanTechnologyCo.，Ltd.，Shenzhen518000，Guangdong，

China;

2.BGI-AgriculturalApplicationResearchInstitute，Shenzhen518000，Guangdong，China;

3.ShenzhenEngineeringLaboratoryforGenomics-AssistedAnimalBreeding，Shenzhen

518000，Guangdong，China）

Abstract：TheCRISPR/Cas9-basedBE3（Cytosinebaseeditor，CBE）andABE7.10

（Adeninebaseeditor，ABE）wereusedtoanalyzeandstudytheeditingefficiencyoftargetgene

lociinpiggenome.FourporcinegenomictargetgenelocigRNAexpressionvectorsweredesigned，

synthesizedandconstructed，whichwereco-transfectedintoPK15cellswithCBEorABE，

respectively.ThePK15cellswerefurtherculturedfor48h，andsingle-basereplacementefficiency

andindelsincidenceweredeterminedbysecond-generationsequencingtechnology.Theresults

showedthattheactiveeditingWindowsofthesinglebase