VMD教程(最新整理版).pdfVIP

简介：

这个教程为新用户介绍了VMD的用法。老用户也可以用本教程进一步熟识程序的应用，

以更好地利用VMD。本教程是针对VMD1.8.3设计的，须要约3个小时来完成。

本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法

基础，还会介绍制作形象逼真的图像要了解的学问。另外的两个单元是针对高级用户，介

绍了VMD的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们激励每个人都去试一

试着读一下，因为它会供应一些有力而易用的工具，这些工具是简洁的图形用户界面所无法

供应的。

本教程以一种好玩的小蛋白质泛素的探讨为例来说明VMD的应用。在本文中，一些资

料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，运用

VMD的一些提示和捷径等等。

假如你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-l@ks.uiuc.edu。邮件列表可以

在://ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/mailinglist/tutorial-l/.中找到。

泛素本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成

的小蛋白质，在全部的真核生物中普遍存在。在全部真核生物蛋白

质中，泛素是最为保守的蛋白质之一（在昆虫，鱼，牛和人中，前74

个氨基酸是完全一样的）。它已被证明存在于细胞核、细胞质和细

胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为细

胞内蛋白水解酶识别的标记。

须要的程序：

以下是本教程中须要的程序

VMD:可以从://ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载（在全部平台上均可运用）。

绘图程序：要观看从VMD输出的图像，须要特地的程序。VMD有一个内置的绘图程序，

也可以应用外部程序。应用什么程序是由你的操作系统确定的。例如：

–Unix/Linux:xmgrace,://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/

–Windows:Excel,://office.microsoft/en-us/FX010858001033.aspx

(须要购买)

–Mac/MultiplePlatforms:Mathematica,://wolfram/

(须要购买);gnuplot,://gnuplot.info/(免费下载)

现在起先学习VMD

你可以在VMD-tutorial-files书目里找到本教程的文件。如图1所示的VMD-tutorial-files的

文件和书目

图1：VMD-tutorial-files的书目结构

运行VMD，可以在Unix终端窗口中键入vmd,在MacOSX的应用文件夹中双击VMD应用

程序图标或者在windows中单击起先——程序——VMD。

1VMD基础

在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟识VMD的基本吩咐。另外，你

可以学习怎样用VMD来找寻蛋白质结构上的好玩的特点。

1．1导入分子

第一个步骤是导入分子。在教程中供

应了一个pdb文件1UBQ.pdb，文件中包含

了泛素的原子坐标。

1在VMD主窗口的菜单栏中选择File——

NewMolecule，如图2（a），屏幕上会显示

另外一个窗口，即MoleculeFileBrowser(b)。

2应用Browse.（c）按钮在

vmd-tutorial-files中找到文件

1UBQ.pdb，留意到当你选择这个文

件的时候，就会回到MoleculeFile

Browser窗口。为了精确地导入你

要导入的文件肯定不要忘了按下图2导入分子

Load（d）按钮。

现在，泛素在你的OpenGLDisplay窗口中显示出来。你可以随时选择MoleculeFileBrowser

窗