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第3章蛋白质序列分析3.1蛋白质一级结构分析3.2蛋白质结构特性分析3.3蛋白质功能特性分析3.4蛋白质二级结构预测3.5蛋白质三级结构预测
3.4蛋白质二级结构预测164预测目的：看一看所提交的蛋白质序列在哪里会形成α-螺旋和β-折叠？现阶段：准确率不高。
3.4.1SOPMA网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html2)Clickhere.1)Pasteyoursequencehere.
Example3-23对下面的蛋白质序列做二级结构预测分析MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ
ResultofSOPMA(1/2)
ResultofSOPMA(2/2)
3.4.2PredictProtein(1/6)166网址：/Clickhere
PredictProtein(2/6)swjs@8879705988797059ShengwuJishuThenclickhere
PredictProtein(3/6)Clickhere
PredictProtein(4/6)swjshenclickhere
PredictProtein(5/6)Clickhere
PredictProtein(6/6)Study1Thenclickhere.Pasteyoursequencehere.
Example3-24165对下面的序列进行二级结构预测分析。MLMPKKNRIAIYELLFKEGVMVAKKDVHMPKHPELADKNVPNLHVMKAMQSLKSRGYVKEQFAWRHFYWYLTNEGIQYLRDYLHLPPEIVPATLRRSRPETGRPRPKGPEGERPARFTRGEADRDTYRRSAVPPGADKKAEAGAGSATEFQFRGGFGRGRGQPPQ
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预测结果目录
图3.87对序列进行PROSITE搜索蛋白激酶C磷酸化位点S/T-R/K酪蛋白激酶II磷酸化位点S/T--D/E酪氨酸激酶磷酸化位点十四烷酰化位点
图3.88SEG搜索的低复杂度序列是指编码这些氨基酸的DNA序列为低复杂度序列
图3.89ProDom搜索结果
PSI-BLAST搜索结果
图3.90以MSF格式显示比对(1/2)
图3.90以MSF格式显示比对(2/2)
图3.91PROF预测结果（普通）AA:氨基酸OBS_sec:二级结构的观测值PROF_sec:预测的二级结构Rel_sec:预测二级结构的可信度SUB_sec:预测的二级结构的集合H:螺旋E:折叠L:随机卷曲O_3_acc:相对亲水表面的观测值P_3_acc:预测的相对亲水表面(b=0~9%,i=9%~36%,e=36%~100%)Rel_acc:预测亲水表面的可信度SUB_sec:预测的亲水表面的集合
PROF预测结果（详细）
图3.92球蛋白预测
Practice把刚才课堂上讲的内容练习一遍。
SummarySOPMAPredictProtein
SOPMA网址：http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html2)Clickhere.1)Pasteyoursequencehere.
PredictProtein166网址：/Clickhere
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