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石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列扩增引物及其设计方
法
专利名称:石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列扩增引物及
其设计方法
技术领域
本发明涉及石斑鱼,尤其是涉及16对主要用于能特异地扩
增大多数石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列的扩增引物
及其设计方法。
背景技术
线粒体基因组由37个编码基因及一段主要的非编码区(控制
区)组成,不同序列区域的进化速率不同。由于动物线粒体
DNA(mtDNA)具有结构简单、严格的母系遗传、几乎不发生
重组、进化速度快且不同区域进化速度存在差异等特点,使
其在种类鉴别、系统进化和种群遗传学的研究方面应用十
分广泛。当前通过序列差异来鉴别外型上相似的鱼类是一
种十分便利准确的方法,其中线粒体序列差异的研究,如应
用于种类鉴别和分子系统进化分析等,国内外已有一些相关
报道。石斑鱼亚科鱼类种类繁多,其种间外部形态相似,
为其种类鉴定带来极大困扰。而其遗传上也具有异常相近
的亲缘关系,因此需要大范围的测序特别是线粒体基因组
全长的测序才能最有效进行种间的比较。Craig等(1、
CraigMT,PondellaDJ,FranckJPC,Hafnert
JC(2000)0nthestatusoftheserranidfishgenus
Epinephelus:evidenceforpar即hylybasedupon16s
rDNAsequence.MolecularPhylogeneticsandEvolution,
19,121-130)对不同石斑鱼线粒体基因16SrDNA进行测序
比较;Ding等(2、DingSX,ZhuangX,GuoFetal.
(2006)MolecularphylogeneticrelationshipsofChina
Seasgroupersbasedoncytochromebgenefragment
sequences.ScienceinChinaSeriesC:LifeSciences,
49,235-242)对几种石斑鱼线粒体基因cytb进行测序并
构建系统发生树;Maggio等(3、MaggioT,AndaloroF,
HemidaF,ArculeoM(2005)Amolecularanalysisofsome
EasternAtlanticgrouperfromtheEpinephelusand
Mycteropercagenus.JournalofExperimentalMarine
BiologyandEcology,321,83-92)综合16SrDNA和cytb测
序方法对几种石斑鱼进行聚类分析。但是,由于缺乏适合
于线粒体基因组全序列扩增和测序的引物,对石斑鱼类线粒
体基因组全序列的测定工作进展缓慢。Meyer(4、
MeyerA(1993)EvolutionofmitochondrialDNAinfishes.
In:BiochemistryandMolecularBiologyofFishes(eds.
HochanchkaPW,MommsenTP),vol.2,1-38,Elsevier,
NewYork)曾于1993年公布了鱼类线粒体基因组通用的扩增
引物,然而石斑鱼类线粒体基因组的序列较为特化,使用通
用的扩增引物难以对其进行有效扩增。到目前为止,只有
Zhu等(5、ZhuZY,YueGH(2008)The
completemitochondrialgenomeofredgrouper
Plectropomusleopardusanditsapplicationsin
identificationofgrouperspecies.Aquaculture,276,
44-49)禾l」用Meyer的通用扩增引物成功扩增出一种石
斑鱼类的线粒体基因组全序列,而且这些引物对
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