生物信息学在肿瘤研究中的应用专家讲座.pptxVIP

生物信息学在肿瘤研究中应用;生物信息学概念：;生物信息学研究要素;生物信息学研究分类;生物信息学和肿瘤研究关系;1996,97国际象棋人机大战;WhatCanBioinformaticsDoinCancerResearch?

HowtoDo?;肿瘤生物信息学平台介绍;数据库平台：(基于Linux系统MySQL数据库系统);数据库平台(续);ComputationalVelocity:Doubledafter18months;

DNADataQuantity:Doubledafter14months;;肿瘤生物信息学平台介绍;自主开发综合分析体系;cDNA,mRNA及EST序列高通量综合分析平台;cDNA,mRNA及EST序列高通量综合分析平台(续);PrimaryAnalysisofLungCancerSSHcDNALibrary;DefinitionofEST;MaskVectorandFormat;;ClusterResultDatabase;NewGene(EST)Database;ElongatedEST;UsingReferencemRNADatabaseBlastOutputtoSearchMutation/SNP;MutationsFoundfromBlastOutputAnalysis;Deletion(ClustalX1.82);Insertion(ClustalW1.82);Here“-”meansinsertion;;FurtherAnalysis;;ExpressionlevelofgenesinSSHlibraries;;LOHmapvs.SSHmap;基因芯片数据分析平台;Normalization;PathWayAnalysis;分析实例;PNASNovember20,vol.98no.24

;OriginalArrayData;AnalysisProcedures;;肺鳞癌基因表示图谱(3号染色体);High-resolutiondetectionofdifferentiallyexpressedchromosomalregionsinNSCLCwasobtainedbyusingmoving-medianmethod

ScreeningofimportantNSCLC-relatedgene

;Results;信号通路(Gene-geneInteraction)分析平台;GeneOntologyPathway

Network;BioCartaCellCyclePathway;KEGG

酮体代谢Pathway;分析给定基因所属信号通路;比较多组基因按功效分组在统计学上差异，从而得到各组基因功效差异;小结;肿瘤生物信息学平台介绍;自主开发其它独立功效软件;自主开发其它独立功效软件(续);自主开发其它独立功效软件(续);自主开发其它独立功效软件(续);应用GeneOntology数据库及EMBOSS软件包预测SSH文库基因中分泌蛋白（图示：2号染色体）;ScreenedsiRNAtargetsitesforX1blue:;全自动SAGEmap分析;从accessionnumber经过网络或者当地数据库自动快速取得序列及注释;小结;肿瘤生物信息学平台介绍;其它引进并安装调试好软件包;SMS(TheSequenceManipulationSuite)：是一组DNA、蛋白序列分析和格式化软件包，以网页形式公布。它们分析结果是一系列HTML命令，您能够打印或保留结果，也能够用HTML语言对其进行编辑。

PredictProtein：Proteinsequenceanalysis,andstructureprediction.

GeneScan:著名分析genomicDNA中基因序列软件。

RepeatMasker:重复序列屏蔽

;Cross_match/Consed/phred/Phrap/phd2fasta:直接读取测序图，并去除测序结果中载体部分，进行Contig组装软件包。

Primer3:基于webPCR引物设计软件。

sim4:EST染色体定位软件。

HMMER:利用隐藏马尔可夫链模型(HMM)建立多序列比对模型，并以此到数据库中寻找另外家族序列。

ClusterW/X:多序列比对工具软件。

Artemis:DNA序列查看及注释工具软件。

BioPerl:生物学分析用公共Pe