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Nature首现汉字水稻亚种名更正

农环视界

4天前

粳稻有人读“jing”稻，有人读“geng”稻，那到底应该怎么读呢？2011年10月23日，国内水稻界186名专家，联名要求《新华字典》将现行“粳”的“jing”字读音修订为“geng”。咬文嚼字的背后，是对中国源远流长的稻作文化能否留存，数千年民俗传统能否得到尊重，中国水稻学界能否赢得世界学术界重新界定水稻亚种命名的思量。

2018年4月3日，有报道称，“粳”字的读音准备改过来。该文介绍国家语委启动了新中国成立以来第三次普通话审音工作，并完成了《普通话异读词审音表（修订稿）》，在教育部网站进行公示。修订稿中，确定“粳”字统读为ɡēnɡ。如今，在重磅期刊《Nature》的文章中，“geng”已经被中外科学家联合使用。

今年4月，《Nature》刊发了7页Article研究长文“Genomicvariationin3,010diverseaccessionsofAsiancultivatedrice”，该文是由中国农业科学院作物科学研究所牵头，联合国际水稻研究所、上海交通大学、华大基因、深圳农业基因组研究所、安徽农业大学、美国亚利桑那大学等16家单位共同完成的3010份亚洲稻群体重测序文章，并首次使用了汉字。

国内外“大联合”、“大协作”、“大共享”

2011年9月，中国农业科学院、国际水稻研究所和华大基因共同启动“全球3000份水稻核心种质资源重测序计划”（3,000ricegeomesproject），拉开了水稻核心种质资源全基因组测序和基因组分析的序幕。

2014年5月，3000份水稻基因组测序数据于“世界饥饿日”公开发布于NCBI、DDBJ、《GigaScience》、阿里云等数据库，与全球共享。同时，基于测序结果建立了若干重要数据库和资源：SNP和表型数据库（RiceSNP-SeekDatabase）；3K泛基因组数据库（RPAN:RicePan-genomeBrowser）；另外，泛基因组和结构变异原始数据将发布在《Nature》旗下的《ScientificData》杂志上。同时，该项目从国际水稻研究所引进了2400份水稻核心种质，极大丰富了我国的水稻遗传多样性。

目前3000份水稻种质已经发放给中国科学院、武汉大学、华中农业大学等40家科研单位、高校和育种单位，发放超过4万份次，用于大规模发掘影响水稻高产、抗病虫、抗逆、优质新基因和育种应用，全面开始推进水稻全基因组分子育种。

从传统“经验育种”向现代“精准育种”跃升

水稻种群的基因有着丰富的多样性和复杂的作用机制，是水稻育种改良的遗传基础。长期以来，全球科学家一直致力于阐明水稻基因组所有基因的功能及其等位基因多样性与重要农艺性状的关联，并将研究成果运用到水稻遗传改良中。以基因技术为核心的分子设计育种，让水稻育种周期更短、更有针对性，代表了水稻育种的发展方向。3000份水稻（来自全球89个国家和地区）代表了全球78万份水稻种质约95%多样性的核心种质。

该研究共检测到32M的高质量SNPs和Indels，对亚洲栽培稻群体的结构和分化进行了更为细致和准确的描述和划分，由传统的5个群体增加到9个，分别是东亚（中国）的籼稻、南亚的籼稻、东南亚的籼稻和现代籼稻品种等4个籼稻群体，东南亚的温带粳稻、热带粳稻、亚热带粳稻等3个粳稻群体、以及来自印度和孟加拉的Aus和香稻；首次揭示了亚洲栽培稻品种间存在的大量微细（100bp）结构变异（SVs，包括易位、缺失、倒位和重复）；构建了亚洲栽培稻的泛基因组，包括12770个（62.1%）核心（core）基因家族和9050个（37.9%）分散式(distributed)基因家族。发现了1.2万个全长新基因和数千个不完整的新基因。核心基因比较古老，大多数的新基因表现更年轻和长度偏短。

3010份水稻基因组测序的完成仅仅是一个开端，随着分析的深入和更多数据的产生，包含水稻全部优良基因多样性的数据库必将更加庞大与精细，人们可以从中找到与任何性状相关的关键基因并应用到育种实践中。这将为开展水稻全基因组分子设计育种提供足够的基因来源和育种亲本精确选择的遗传信息，为培育高产、优质、多抗水稻新品种奠定基础。

亚洲栽培水稻起源的新观点和命名恢复

在我国，亚洲栽培水稻中“籼”、“粳”（gěng）两大亚种早在2000多年前的汉代已被人们所认知，但籼、粳稻的起源和命名在国际上一直存有争议。

日本学者加藤茂范于1928年将“籼”、“粳”称为indica（OryzasativaL.subsp.indicaKato）和japonica（OryzasativaL.subsp.japonicaKato），并一直沿用至今。从拉丁文标注可以看出，两个亚种