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RepeatMasker网页版和命令行版使用说明〔中文翻译版〕

引用自Tarailo-GraovacM,ChenN.UsingRepeatMaskertoidentifyrepetitiveelementsingenomicsequences.CurrProtocBioinformatics.2023Mar;Chapter4:Unit4.10.doi:10.1002/0471250953.bi0410s25.

RepeatMasker是一款广泛应用于基因鉴定、分类和maskrepetitiveelements,包括低简单度序列和散布重复序列。RepeatMasker通过将数据库如：Repbase中的重复序列与输入的基因组序列比对来搜素重复序列。在此我们描述两个根底协议，它对如何运用RepeatMasker去分析基因组序列的重复元件供给细节上的指导，而不管是通过网络界面还是通过Unix/Linux命令系统。在RepeatMasker中的序列比较通常经过cross-match程序的序列比对来实现，对于较大序列这一过程需要大量处理时间。交替协议描述的是通过应用诸如WU-BLAST这样的选择性比对程序来怎样削减处理时间。而且RepeatMasker的优势、局限和已被觉察的漏洞将在此进展争论，最终供给理解其处理结果的指南。

在的RepeatMasker程序包中添加了鉴定蛋白质序列的重复原件的程序。

要运行RepeatMasker，首先要选择重复库文件〔repeatlibraryfiles〕,这一文件包含重复元件共有序列。目前，RepbaseUpdate是最大的商业性〔商购〕重复库〔freeforacademicuse〕并且包含了相当数量的包括人、啮齿动物、斑马鱼、果蝇以及拟南芥在内的生物体。生物体的库文件中没有RepbaseUpdate时，库文件会用RECON〔BaoandEddy,

2023; “:///recon.htm)l“:///recon.htm)l 或 RepeatScout

(“:///repeatscout%3B/Price“:///repeatscout;/Priceetal.,2023)从头产生。最版本的RECON

v.1.06已经公布并且可以从“:///RepeatModeler.htm中l.获得“:///RepeatModeler.htm中l.获得RepeatModeler程序包。RepeatMasker的序列比较常通过PhilGreen改进的cross-match(“:///consed/consed.html#howToG)e来t“:///consed/consed.html#howToG)e来t实现，另外也可以为了快速程序来用WU-BLAST(“:///help/wublast.htmls%3Bee“:///help/wublast.htmls;eeAlternateProtocol)来代替cross-match。

一、通过网络界面运用RepeatMasker

RepeatMasker可通过“:///cgibin/WEBRepeatMask来er获得“:///cgibin/WEBRepeatMask来er获得，它不像命令行版本的RepeatMasker，网络版RepeatMasker的核苷酸序列长度限制在100kb，不能分析长度超过100kb的序列〔提示会在窗口中显示〕。短于100kb的序列可以用网络版RepeatMasker来分析，其花费的时间与序列的长度相关。对于北美以外的快速效劳有在德国、以色列和澳大利亚的RepeatMasker镜像网站。另外，假设常规分析大片段序列，最好是下载并本地运行命令行版本。重要的是，假设需分析的序列超过100kb，唯一的选择就是下载RepeatMasker并在本地运行。

必需资源

硬件：任意一台联网的计算机。软件：扫瞄器如IE或火狐扫瞄器

文件：FASTA文件或能通过网络界面处理的收集的FASTA文件。

点击网页扫瞄器，进入“:///cgi-bin/WEBRepeatMaske通r“:///cgi-bin/WEBRepeatMaske通r.

过序列名或扫瞄文件下载FASTA序列文件〔最大100kb〕，或者粘贴FASTA序列〔最大100kb〕