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分子模拟实验作业
氢键络合物(文献)
一、实验部分
(1)采用MM2方法计算TPA二聚体复合物的结构和结合能Ei
①采用MM2方法计算TPA单体能量
图1.TPA单体经MM2
优化后构型
TotalEnergy:5.5564
kcal/mol
②采用MM2方法计算TPA二聚体能量
2.054?
2.054?
图2.TPA二聚体经MM2优化后构型
TotalEnergy:3.9065kcal/mol
结合能E=-(3.9065-2*5.5564)=7.2kcal/mol
1
(2)采用MM2方法计算Phe-Phe二聚体复合物的结构和结合能E?
①采用MM2方法计算Phe单体能量
图3.Phe-Phe单体经MM2优化后构型
TotalEnergy:-2.6281kcal/mol
②采用MM2方法计算TPA二聚体能量（第一种）
图4.Phe-Phe二聚体经MM2优化后构型
TotalEnergy:-23.3587kcal/mol
结合能E=-(-23.3587-(-2.6281*2))=18.1kcal/mol
2
③采用MM2方法计算TPA二聚体能量（第二种）
2.073?
图5.Phe-Phe二聚体经MM2优化后构型
TotalEnergy:-27.9305kcal/mol
结合能E=-(-27.9305-(-2.6281*2))=22.7kcal/mol
2
(3)采用MM2方法计算Phe-Phe-TPA二聚体复合物的结构和结合能E。通过
3
结合能的比较，验证与实验结果EEE是否符合?
231
①采用MM2方法计算Phe-Phe-TPA二聚体复合物
H
2.071?
2.1A
2.011?
甩丫[
I:
虫勾图6.Phe-Phe-TPA二聚体
MM2优化后构型
结合能E=-(-7.0116-5.5564-(-2.6281))=10.0kcal/mol
3
E=7.2kcal/mol
1
E=15.8/22.7kcal/mol
2
E=10.0kcal/mol
3
15.810.07.2即EEE
23I
与实验结果EEE相符合
23I
(4)设计出如图2所示的2TPA-2Phe四聚体复合物的结构并计算其结
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