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样本采集与处理
样本采集
样本采集要注意的重点是,所采集的临床标本一定要正确和采集的时间合适,并注意采用正确的标本容器,采集的方法程序对有些临床标本非常重要。在疾病发展过程中,标本采集过早或过晚都可能会给出假阴性结果。
尽可能在最短的时间内完成样本的采集(应该保证30min内完成,不适当的处理时间将直接影响和干扰研究的结果),应尽快降低所采集组织样本的温度。
肿瘤组织标本的采集和处理应遵循严格的生物安全处理规范,也可根据研究者所提出的特殊要求,按照对方提供的操作模式进行相关处理。
(1)患者入院后进行生物安全性检查。检测HIV以及嗜肝病毒HBV及HCV感染情况。HIV感染患者不列为采集对象。HBV及HCV感染者,须在样本上明确注明。
(3)组织标本取材时间肿瘤外科手术后,标本离体30min内。
(4)标本采集
每种肿瘤主要采集3类生物样本,并要保证这些样本的质量和数量能够用于DNA、RNA和蛋白质提取及满足相关的实验分析。
新鲜组织(包括手术和活检组织)
实体组织样本采集包括外科手术切除的或活检和尸检得到的正常、良性和恶性肿瘤组织。手术结束后,在临床肿瘤病理专家的指导下,在不影响病理诊断取材需要的前提下,采集组织样本。
A。标本取材部位:肿瘤组织、癌旁组织(癌组织旁1cm)和正常组织(癌组织旁5cm以外或最远处)。
a)临床诊断明确,未经放疗和化疗的手术切除标本,在病理医生指导下取材。
b)尽量保证癌组织没有坏死(有坏死的标本很难提取高质量的RNA和蛋白)。
c)配对“癌旁组织”,选择距离癌灶边缘3cm范围内的组织样本,配对“正常组织”,要选择距癌灶边缘5CM以上或距离癌灶边缘最远段(或手术切缘处)取组织样本,应注明距离。对于空腔器官,如食管、胃、肠、胆囊、膀胱等,“癌旁组织”“正常组织”应取相应部位的“粘膜组织”样本。
虑的因素为肿瘤分型和分类,每一类型要达到统计学小样本数目。
2)验证样本:主要用于标志基因变异的确认,进行RT-PCR、WB、IHC/ISH、突变检测、ELISA的实验分析。主要考虑的因素为肿瘤分型、分类和分期,包括不同阶段癌前病变组织样本,病理学诊断要明确,每一类型要保障统计学大样本数目。
3)分型样本:主要用于肿瘤标志基因或蛋白的大样本、多中心临床验证,包括IHC,ELISA,REALTIMERT/PCR,基因/蛋白临床检测芯片的分析。临床随访资料和生存期为考虑的主要因素,每一类型要保障符合多中心、大样本的统计学要求。
采样及运输容器
标本的采集材料如棉签、拭子等均应为一次性使用,采样所用的防腐剂、抗凝剂及相关试剂材料不应对核酸扩增及检测过程造成干扰。如全血、和血浆样本,首先要抗凝,抗凝剂的选择很重要。一般应使用EDTA和构橼酸盐作为抗凝剂,肝素因其对PCR扩增有很强的抑制作用,且在后面的核酸提取中很难去除,故应尽量避免使用。此外,标本运输中的保存液对其有稀释作用,因此应考虑稀释对测定的影响。现已有厂商专门有用于PCR检测标本采集的无核酸酶容器供应。
样本采集中的防污染
样本采集最好采用一次性无菌及无核酸酶的材料,不用处理便可直接使用,采集中要特别注意污染,防止混入操作者的头发、表皮细胞、痰液等。如使用玻璃器皿,必须经0.1%DEPC水处理后高压,以使可能存在的RNase失活,并降解对PCR有抑制作用的DEPC。
采样质量的评价
血清(浆)标本可观察标本是否溶血、脂血及其程度,并明确这种情况是否会对相应的检测造成影响。
总而言之,标本的收集及适当的预处理,对用于PCR测定的核酸模板的成功提取,具有决定性作用。
附件5肿瘤样本采集的基本技术标准(适用于部分小量生物样本提供单位使用)
1.所有入组病例要按要求采集肿瘤组织标本、血液和具有临床检测意义的体液。
2.送检肿瘤组织和血液标本最好在未经放疗和化疗前采集。
3.送检肿瘤标本必须病理诊断明确,尽量保证有足够多的癌细胞(50%以上为好)。
4.癌组织没有坏死。(有坏死的标本很难提取高质量的RNA和蛋白)
5.在保障病理学检测所需标本的前提下,尽量提供足量的肿瘤标本和癌旁正常组织,至少1-2克。
6.手术标本必须迅速置于液氮中,然后保存于-80℃或-130℃冰箱,这一过程要求在手术离体后30分钟内完成)。
7.如果不能提供与病理学检测平行的活检组织标本,至少提供5-10张组织切片。
8.要提供与病理学检测平行的石腊组织块或福尔马林固定组织标本,或至少提供5-10张组织切片。
9.提供肿瘤脱落细胞涂片或组织印片5-10张
10.及时采集入组病例的外周血标本,初诊患者5-10ml,EDTA抗凝,3000rpm离心,血浆和有形成份分别用统一质量标准的容器保存。特殊病例要保存治疗前后的外周
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