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NCBI中Blast种类及使用简介
NCBI中Blast种类简介
1.BlastAssembledGenomes
在一个选择的物种基因组序列中去搜索。
2.BasicBlast
2.1nucleotideblast用核酸序列到核酸数据库中进行搜索,包括3
个程序
2.1.1Blastn核酸序列(n)到核酸序列数据库中搜索,是一种标准的
搜索。
2.1.2mgablast该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于
快速比较两大系列序列。可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序
列,适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较
2.1.3discontiguousmgablast与mgablast不同的是主要用来比较
来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。
2.2ProteinBlast
2.2.1Blastp蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索,是一种标准的
搜索。
2.2.2psi-blast位点特异迭代BLAST—用蛋白查询来搜索蛋白资料
库的一个程式。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对
齐,从这个对齐,一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索资料
库,以找到额外的显著对齐,这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以
被发现。
2.2.3PHI-BLAST以常规的表达模型为特别位置进行PSI-BLAST检索,
找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。
2.3TranslatingBLAST
2.3.1blastx先将待查询的核酸序列按6种读框翻译成蛋白质序列,
然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI蛋白质序列数据库比较。
2.3.2tblastn先将核酸序列数据库中的核酸序列按6种读框翻译成
蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。
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2.3.3tblastx先将待查询的
核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按6种读框翻译成蛋白质序列,
然后再将两种翻译结果在蛋白质水平上进行比较
3.SpecializedBlastSpecializedBLASTpages可以对特殊生物或特殊
研究领域的序列数据库进行检索。
例:CD-Search
CD-Sarch是使用RPS-BLAST程序以一个蛋白质序列与保守结构域数据
库(ConservedDomainDatabas)做比较。
PairwiseBLAST
PairwisBLAST是用BLAST程序实现两个序列之间的比较。选择“序列1”
为待比较序列,则“序列2”就是被比较序列。
IgBLAST—IgBLAST被开发出来以便於分析在GenBank中的免疫球蛋白的序
列。它允许用blastp或blastn来搜索nr资料库或一个由免疫球蛋白生殖系变
化区基因的特殊的资料库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三
个主要的功能∶1)报告与查询序列最相似的可变,D,或J区,2)根据Kabatet
al.来注解免疫球蛋白domains(从FWR1到FWR3),3)对於搜索核酸或蛋白nr
资料库,通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化区基因来简化识别相关
序列的过程。
等等。。。。。。。。。
在线BLAST的使用方法
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