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地理探测器使用教程
一、Excel插件版本
用Excel编制的地理探测器软件,可从以下网址免费下载:/。
地理探测器使用步骤包括:
(1)数据的收集与整理:这些数据包括因变量Y和自变量数据X。自变量应为类型量;如果自变量为数值量,则需要进行离散化处理。离散可以基于专家知识,也可以直接等分或使用分类算法如K-means等。
(2)将样本(Y,X)读入地理探测器软件,然后运行软件,结果主要包括4个部分:比较俩区域因变量均值是否有显著差异;自变量X对因变量的解释力;不同自变量对因变量的影响是否有显著的差异,以及这些自变量对因变量影响的交互作用。
表1GeoDector数据输入格式
Y
X1
X2
…
Xm
y1
x11
x12
…
x1m
y2
x21
x22
…
x2m
…
…
…
…
…
yn
xn1
xn2
…
xnm
图1地理探测器软件用户界面
二、R语言包版本
教程原文:/web/packages/geodetector/vignettes/
geodetector.html#factor-detector
geodetector包涵盖五个函数:factor_detector,interaction_detector,risk_detector,ecological_detector和geodetector。前四个功能实现因子探测器,交互探测器,风险探测器和生态探测器的计算,可以使用表数据计算,例如csv格式(表2)。最后一个函数geodetector是一个辅助函数,可用于实现shapefile格式映射数据的计算(图2)。
表2表格示例数据
incidence
watershed
soilttype
elevation
7.20
2
3
6
7.01
2
3
6
6.79
2
3
6
6.73
4
3
6
6.77
4
3
1
6.74
4
3
6
geodetector包依赖于以下包:rgeo、sp、maptools和rgdal,需要提前安装。
作为演示,提供了村庄的神经管出生缺陷(NTD)Y和疑似风险因素或其指标X,包括健康影响GIS图层和环境因素GIS图层:“海拔”、“土壤类型”和“流域”。
图2GIS格式演示数据(a)NTDs流行率Y,(b)海拔X1,(c)土壤类型X2,(d)流域X3
下载geodetector包后,使用install.packages函数安装。
install.packages(geodetector)????
加载包:
library(geodetector)??
以表格格式读取数据:
data(CollectData)??
数据类:
class(CollectData)??
##?[1]?data.frame??
字段名称:
names(CollectData)??
##?[1]?incidence?watershed?soiltype??elevation??
2.1因子探测器
因子探测器q统计量衡量YY的SSH,或Y的协变量X的行列式幂。
factor_detector实现因子探测器的功能。在下面的演示中,第一个参数“incidence”代表解释变量,第二个参数“elevation”代表解释变量,第三个参数“CollectData”代表数据集。
该函数的输出包括q统计量和相应的p值。
factor_detector(incidence,elevation,CollectData)???
##?[[1]]??
##???????????q-statistic????p-value??
##?elevation???0.6067087?0?
也可以用另一种方式来实现该功能,其中输入参数可以是每个字段的索引。例如,在下面的演示中,第一个参数“1”表示数据集第一列中的解释变量,第二个参数“3”表示数据集第三列中的解释变量。
factor_detector(1,3,?CollectData)??
##?[[1]]??
##??????????q-statistic???p-value??
##?soiltype???0.3857168?0.3632363??
如果有多个变量,该函数可以如下使用。其中,c(“soiltype”,“watershed”,“elevation”)或c(2,3,4)分别为第2、3、4列解释变量的字段名和字段索引。
factor_detector?(incidence,c(soiltype,watershed,elevation),CollectData)?
或者
factor_detector?(1,c(2,3,4),?CollectData)??
##?[[1]]??
##???????????q-statistic???
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