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2023高通量测序技术在分枝杆菌病诊断中的应用专家共识(完整版)
摘要
高通量测序技术在分枝杆菌病领域中的应用日益普及，而在实际应用过程中，临床医师对技术本身及如何合理应用检测结果仍存在很多疑问。本共识针对高通量测序技术临床应用中存在的突出问题，依据公开发表的研究数据和参与专家的应用经验，经众多专家讨论形成，为在分枝杆菌病诊断过程中合理使用高通量测序技术提供参考。
高通量测序(high-throughputsequencing)技术在感染性疾病病原学诊断及常见病原微生物的耐药诊断中优势明显，在分枝杆菌病领域也得到越来越广泛的应用，为疑难分枝杆菌病的诊断、鉴别诊断和耐药诊断提供了循证医学证据。
然而在实际应用过程中，临床医师存在诸多困惑。鉴于此，高通量测序共识专家组针对高通量测序技术临床使用过程中存在的突出问题，撰写了本共识，以期提高该技术的临床应用水平，去伪存真，使这项先进的检验技术得到科学合理的应用。
一、高通量测序技术概况
高通量测序技术泛指二代测序技术和第三代测序技术，目前已有多种用于临床感染性疾病的病原微生物鉴定，尤其是当缺乏诊断线索时，鉴定病原微生物具有显著优势。依据检测策略的不同，其主要分为靶向测序、宏基因组学测序（mNGS）和全基因组测序（WGS\
分枝杆菌靶向测序技术是先通过靶向捕获分枝杆菌特异基因后再进行高通量测序，主要适用于临床怀疑分枝杆菌感染的患者，既有助于诊断结核病/非结核分枝杆菌（NTM）病，又可以检测耐药基因突变,从而精准指导临床医师用药。
2018年，WHO发布的《应用高通量测序技术检测耐药结核病相关基因突变的技术指导原则》重点关注了靶向测序技术用于结核病耐药诊断的功能。mNGS技术则是直接对标本中所有的核酸进行无偏倚检测和序列分析，相比分枝杆菌靶向测序，mNGS可检测出种类繁多的微生物，但无法实现对结核分枝杆菌耐药基因的全面检测。
二、高通量测序技术的特点
二代测序技术近年来发展迅猛，具有通量高、速度快的优点，但存在读长较短，不利于后续生物信息学分析的缺点，且PCR扩增过程中DNA序列碱基的G-C偏好性会影响检测的准确性。
第三代测序技术也被称为单分子测序技术，可实现对DNA/RNA分子直接测序，且读长较长，一般为几十甚至上百kb,测序通量高，数据可实时读取分析，速度更快，在临床的应用也越来越多。
大量研究数据表明二代测序技术和第三代测序技术各有所长：二代测序读长短但准确度高；第三代测序读长长但单碱基准确性稍差。临床应用过程中应依据检测的主要目的选择适宜的测序技术。
三、开展高通量测序的临床适应证和送检时机
(-)应用高通量测序检测分枝杆菌的适应证
靶向测序适用于病原学阴性的疑似肺结核、肺外结核、NTM病的诊断及鉴别诊断，也适用于菌量丰富的临床标本或菌株的耐药基因突变检测，或用于分枝杆菌耐药的诊断。美格医学的TBseq检测项目可检测46种分枝杆菌分型及19种抗结核耐药基因和7种抗非结核耐药基因，助力临床精准诊疗！
mNGS适用于病原学阴性的疑似肺结核、肺外结核、NTM病及其他病原体感染的诊断及鉴别诊断。
(二)高通量测序检测分枝杆菌病的适宜送检人群及时机
.靶向测序检测的适宜送检人群及时机
①疑似肺结核患者，具有典型的肺部影像学改变伴有或不伴有结核病中毒症状，常规的痰标本抗酸杆菌涂片、培养和GeneXpert等分子生物学检查均报告阴性结果时，或是有些患者增加了支气管肺泡灌洗液检查后仍不能确诊时。
②疑似结核性胸膜炎患者，鉴于胸腔积液常规结核分枝杆菌检查阳性率低，可考虑尽早送检。
③疑似肺外结核患者如结核性脑膜炎、淋巴结结核、骨关节结核、结核性心包炎、肾结核、肠结核等，肺外结核诊断较困难，对应的临床标本中的分枝杆菌含量较低，常规检测灵敏度低，建议及早送检。
④复治结核患者，经过正规抗结核治疗但效果不理想，且常规的分子生物学检查均报告阴性结果，建议送检以明确耐药情况。
⑤疑似NTM病的患者，即多次培养及分子检测结果阴性者，尤其是同期抗酸杆菌涂片检查阳性的患者，建议送检。
⑥考虑为多种药物耐药的结核病或NTM病患者，建议及时送检以进一步获取多种药物的耐药证据，此时推荐送检菌量丰富的临床标本或菌株。
.mNGS检测的适宜送检人群及时机
①疑似肺结核、结核性胸膜炎患者，常规的分子生物学检查均报告阴性结果，但仍需考虑与其他感染性疾病相鉴别的患者，建议送检。
②脑脊液常规检查及生物化学检查符合结核性脑膜炎的特点，脑脊液常规的分子生物学检查均报告阴性结果，且患者无法排除其他感染，建议尽早送检。
③淋巴结、肺组织、肠黏膜组织等新鲜组织标本病理检查发现肉芽肿性病理改变但未查到结核相关证据，仍需考虑与其他疾病鉴别时，建议送检组织标本。
四、标本的采集、检测、报告及实验室质量控制
临床标本的质量直接影响检测结果。不同标
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