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一篇结构生物化学版十章酶催化机理.pdf

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提纲

一、酶催化机理研究的主要方法

二、过渡态稳定学说

三、过渡态稳定的化学机制

1.邻近定向效应

2.广义的酸碱催化

3.静电催化

4.金属催化

5.共价催化

6.底物形变

四、几种常见酶的结构与功能

1.蛋白酶

2.溶菌酶

酶催化机理研究的主要方法

①找出保守性的氨基酸残基

②三维结构的研究

③定点突变

④动力学分析

⑤化学修饰

⑥计算机模拟

过渡态稳定学说

H-H+H→H-H-H(过渡态)→H-H+H

ABCABCBCA

☺根据过渡态理论,在任何一

个化学反应体系中,反应物

需要到达一个特定的高能状

态以后才能发生反应。这种

不稳定的高能状态被称为过

渡态。达到过渡态要求反应

物必须含有足够的能量以克

服活化能。

☺1946年Pauling提出,酶与

过渡态的亲和力要比对基态

(底物)的亲和力高得多,

酶的催化源于其对过渡态的

稳定作用。化学反应的过渡态及

其前后的自由能变化

“铁丝酶”催化反应的过渡态稳定机制

支持过渡态稳定学说的

根据过渡态的结构设计的过渡态类似物可作

为酶的强抑制剂,抑制效果远高于竞争性抑

制剂。

利用过渡态类似物作为抗原或半抗原,去免

疫动物,由此产生的抗体可能有类似酶的催

化作用。

脯氨酸消旋酶的过渡态及其过渡态类似物抑制剂

体筛选

酶免疫动物

产生抗体

水解

催化水解的抗体酶的

过渡态稳定的化学机制

与酶催化相关联的过渡态稳定是酶活性结构和

反应性以及活性与结合底物之间的相互作用的

必然结果。酶充分使用一系列的化学机制来实现过

渡态的稳定并由此加速反应。它们包括:

①邻近定向效应

②广义的酸碱催化

③静电催化

④金属催化

⑤共价催化

⑥底物形变

邻近定向效应

邻近定向效应是指两种或两种以上的底物(特别

是双底物)同时结合在酶活性上,相互靠近

(邻近),并采取正确的空间取向(定向),

这样大大提高了底物的有效浓度,使分子间反应

近似分子内反应从而加快了反应速度。

底物与活性的结合不仅使底物与酶催化基团

或其它底物接触,而且强行“冻结”了底物的某

些化学建的平动和转动,促使它们采取正确的方

向,有利于键的形成。

广义的酸碱催化

广义的酸碱催化是指水分子以外的分子作为质子供体

或受体参与催化,这种机制参与绝大多数酶的催化。

蛋白质分子上的某些侧链基团(如Asp、Glu和His)

可以提供质子并将质子转移到反应的过渡态中间物而

达到稳定过渡态的效果。如果一个侧链基团的pKa值

接近7,那么该侧链基团就可能是最有效的广义的酸

碱催化剂。His残基的咪唑基就是这样的基团,因此

它作为很多酶的催化残基。

广义的酸催化

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