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T4溶菌酶晶体分子堆积的研究

生物物理学报第十六卷二???年十二

第四期月ACTABIOPHYSICASINICAVol.16NoDec..4

溶菌报晶体分子堆报的研T4究

徐兴,兴汝昌

摘要:以不兴兴位中只有一分子称个的10兴不同晶型的T4

溶菌兴晶兴材体料,兴晶中体的

分子堆兴兴行了研究。兴果表明,在溶兴含量兴高的晶型中,

非性基兴在接面兴中所占的比极触例略高于溶兴含量兴低的晶型,

而其性极和兴兴荷基兴在接面兴中所占的比例略低于溶兴含量触兴低的晶型。溶兴含量兴高的晶型多含有晶二重体学兴,

二重兴相兴的分子兴的接其它接触与触相比,

含有兴少的性互相作极用

。兴些兴果兴明溶兴含量的高低可能是由不同兴晶兴境引发的不同分

,,子兴的互相作用定决的。另外研异究兴一步兴兴了分子堆兴的非特性即异触不存在特性的接。研

究兴表明某些溶兴可及表面兴兴大的极性或兴兴荷的基兴分子堆兴兴兴重残要

,常在不同的晶型中接参加触。

:T4;;;;报报报溶菌兴溶兴含量分子堆兴溶兴可及表面兴接面触兴

()中报分报号:Q文献报报报:文章报报:1000-6737100004-0673

-

617A07

X射兴晶衍射是一兴兴定蛋白兴三兴兴的重要办法体构

。近些年的兴兴技兴的兴来展使得兴解析更快速准构确,

因此兴得快乐量的晶成兴解析蛋白兴三兴兴的限速步兴体构。蛋白兴分子在一定件下有兴律地堆兴形成晶条体,

晶分子兴律性的堆兴方式直接影晶体内响体

兴例如不同兴型淀兴沉的兴量。分子的堆兴受到淀兴的兴兴沉、H

、度等多兴因素的影温响,p所形成的晶在堆兴的形式上有所差体异,

兴兴差可能是由淀兴所兴兴的不同的成核兴程异沉

1引发的。兴晶中分子堆兴兴律的究有助于兴兴提高晶衍射兴量的办法体研体

。另外,兴多兴不同

1,2

晶型的蛋白兴晶分子堆兴的究表明体研,与叠蛋白兴折和蛋白兴兴兴等兴程中的特性接不同异触堆兴作用是一兴非特的互相作用异。但是

,参加体晶堆兴的各兴弱作用力同兴也是特性接的作用力参加异触。因此,

晶中的分子堆兴兴究特非特接的兴基兴提体研异与异触构

3供了充足的素材。

蛋白兴晶小分子晶的一重要不同在于前者含有大量溶兴分子体与体个

。溶兴含量始终被兴兴与体晶的兴量有着亲密的兴系,兴T4

溶菌兴的究兴兴晶的溶兴含量晶的研体与体衍射分辨率之兴

4含有兴好的兴性兴系,即溶兴含量越少,晶中分子堆兴得越兴密体,

晶兴体量越高;溶兴含量越高,晶中分子堆兴得越松散体,晶的分辨率也不高体

。本文以10兴不同晶型的

T4溶菌兴的晶兴材料体,考察了晶溶兴含量分子堆兴兴的兴律体与,

兴兴晶溶兴含量的高低可能体

是由不同的兴晶兴境引发的不同分子兴互相作用定的决。收稿日期: -05-12

:,,:作者报介徐兴兴士究生研兴兴材料和办法1

1.1材料

4溶菌兴能兴形成多兴分辨率兴高,晶型不同的蛋白兴晶兴兴体构,

因而是究分子研堆兴的理T

想材料。晶的堆兴十分兴兴体,兴了兴化起兴,

排除不兴兴位中分子兴互相作用的影称响,特兴兴取了不兴兴位中兴含有称1

个体构研分子的十兴不同晶型的溶菌兴晶兴兴行兴究。兴

()T4E.C.3.2.1.17BrookhavenProteinDa

十兴不同晶型的溶菌兴的原子坐兴都取自于6777747Bankta。其PDB

:107L,149L,152L,170L,171L,172L,173L代兴分兴兴5,777177L

,178L,179LT4Table.1,7十兴

溶菌兴晶的重要性兴列于体其中涉及兴空兴。群,

含有相似空兴群的晶型在晶胞上有明兴不同参数

。在基酸序列上兴十兴晶型的兴分子氨兴兴在兴基酸基上有兴兴个氨残区。

2办法

全部水分子和其它小分子配有包含在分子堆兴的分析兴算中体没

。晶中的分子堆兴接体触兴用XPLOR程序兴算

,涉及生成兴性相兴的相兴分子称,拟定相兴分子兴兴兴、兴兴、和范德兴接触

,以及溶兴可及表面兴和接面兴的兴算触。

()当离相兴分子兴原子基兴的距不大于4兴被兴兴基兴兴兴生接触用极性或兴!互相作。

兴荷的基兴互相接可形成兴兴或兴兴等性互相作用触极,

其它接均兴范德兴接触触。在兴算中,兴定兴兴的接距不大于触离3.5!

,兴兴的接距不大于触离4!。

89溶兴可及表面兴是根据Lee和Richa