生物信息学中R运用课件.ppt

《R语言及Bioconductor生物信息学应用》

----一本已经面世的R红宝书****************************************************************************************************

《R语言在生物信息学中的应用》《R语言在生物信息学中的应用》本书的编写在国内国际都是一个创新

本书特色从实际课题出发，提出解决这个问题的思路，结合用到的原理或基础知识，但更偏重整个解决问题的框架和流程，选用一种简单易学但功能强大的语言，把讲解延伸到具体程序代码，让读者100%经历整个课题研究过程。最大的创新点是：实际课题直接来自已发表的SCI文章，全部都是真枪实弹，不杜撰所谓“实际应用”。国内外尚未见到与SCI文章紧密结合的生物信息书籍。本书是多名R领域专家（全部都是一线科研工作者）通过互联网联手写作。在前期网上调研的基础上，尽量在本书内突出大多数人普遍关心而又难找相关资料的问题。所见即所得，学到的知识可以通过简单编程（仅仅代码拷贝粘贴）加以实现，印象深刻，学了不会忘。提出三板斧学习法，让无基础的人也能编程。本书作者通过QQ群直接面向读者答疑，并且共享了大量的参考资料和习题答案。使用正版书籍的读者都可以入群享受最好的服务。不在书中罗列基础知识凑字数，也不使用光盘，既能减轻读者负担，又能保护环境。

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详细目录第一章R基础知识 4 1.1 什么是R 4 1.1.1R语言的起源 4 1.1.2R语言的特点 5 1.1.3R语言的主要用途 7 1.1.4R语言的应用现状和发展趋势 10 1.2 R的下载与安装 12 1.2.1主程序的下载与安装 12 1.2.2扩展包的下载与安装 14 1.2.3R语言的集成开发环境 16 1.2.4R主程序和扩展包的管理与升级 19 1.3R语言快速入门 21 1.3.1从哪里入手开始学习R 21 1.3.2三板斧搞定R语言 21 1.3.3一个例子来说明三板斧 22 1.4一些简单的语法知识 23 1.4.1什么是编程 23 1.4.2变量 23 1.4.3函数 24 1.4.4综合案例 25 1.5本章源代码详解及小结 25 1.5.1例1-1 25 1.5.2例1-2 26 1.5.3例1-3 27 1.5.4例1-4 28 1.5.5小结 30 参考文献： 31

详细目录第二章生物信息学基础知识 4 2.1中心法则-生物信息流 4 2.1.1生物大分子 4 2.1.2中心法则 7 2.1.3基因组、转录组和蛋白质组 8 2.1.4非编码RNA和microRNA 9 2.2测序与序列分析 10 2.2.1DNA测序技术 10 2.2.2第二代测序技术的应用领域 12 2.2.3序列分析 13 2.2.4序列比对和相似性搜索 14 2.2.5分子进化和系统发生树 15 2.3基因表达分析 17 2.3.1基因表达的检测方法 17 2.3.2基因表达数据分析 18 2.3.3基因表达差异的显著性分析 19 2.3.4基因本体论分析 20 2.3.5通路分析 22 2.4注释、统计与可视化 22 2.4.1注释与ID映射 23 2.4.2统计与可视化 23 参考文献： 24

详细目录第五章Bioconductor分析基因芯片数据 5.1 快速入门 2 5.2 基因芯片基础知识 3 5.2.1探针组 3 5.2.2主要的芯片文件格式 4 5.3 基因芯片数据预处理 5 5.3.1数据输入 6 5.3.2质量控制 7 5.3.3背景校正、标准化和汇总 17 5.3.4预处理的一体化算法 20 5.4 基因芯片数据分析 24 5.4.1选取差异表达基因 24 5.4.2注释 27 5.4.3统计分析及可视化 28 5.5 芯片处理实际课题一 39 5.5.1课题背景 39 5.5.2数据集与预处理 40 5.5.3R程序与代码讲解 41 5.6 芯片处理实际课题二 42 5.6.1课题背景 42 5.6.2数据集与处理过程 43 5.6.3R程序与代码讲解 43 5.7