甲基化芯片与数据分析.pptx

甲基化芯片数据分析应用

DNA甲基化CpG岛DNA甲基化在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。

肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后发育衰老整体甲基化水平研究DNA甲基化的意义

DNA甲基化与肿瘤发生

高效液相色谱重亚硫酸盐测序甲基化特异性PCR焦磷酸测序甲基化DNA免疫共沉淀常用的检测手段

Affymetrix甲基化芯片实验HumanPromoter1.0RHumanTiling1.0R/2.0R

样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标记杂交洗脱扫描甲基化实验流程

利用甲醛对样品进行固定，使蛋白与染色质进行交联样品交联

超声波打断染色质染色质片段化

特异性MBD2抗体结合免疫共沉淀-CHIP

对CHIP染色体进行进行纯化，并对DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测CHIP效率洗涤纯化

利用随机引物扩增CHIP和对照组DNA片段PCR扩增

使用DNA末端标记试剂盒将PCR扩增产物打断成碎片DNA，并进行标记片段化标记

杂交洗脱扫描

甲基化芯片数据分析及应用

Affymetrix单通道/转录因子Nimblegen双通道甲基化芯片数据类型

单通道甲基化芯片数据分析原始数据数据解析数据质控标准化算Ratio值RMS/AMS富集Peak差异比较注释

数据解析

数据质控——信号分布

数据质控——MA图

散点图

GC含量及ATCG位置信号分布

标准化

标准化

标准化

双通道甲基化芯片数据分析Ratio值RMS/AMSFILTER差异探针注释

每个样本的信号值和Input信号值的比值原始数据

AMS〔绝对甲基化水平〕染色体区域范围内探针所代表的甲基化水平RMS〔相对甲基化水平〕探针所代表的相同数量CpG的甲基化水平RMS/AMS计算——MEDMEMEDME对smoothedlog-Ratio进行处理，使用全甲基化数据构建出log-Ratio对AMS的模型。再代入待测样本的log-Ratio数据计算出RMS。

探针filter完全相同值的探针Peakfilter没有peak的区域FILTER

利用随机方差模型（RVM）修正的的t-test或f-testRMS值P值差异甲基化探针筛选

根据promoter的定位注释甲基化探针所属的基因CpG岛的预测分为HCP，ICP，LCP差异甲基化基因注释

全基因组展示

差异甲基化聚类

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