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二代测序技术在原发灶不明肿瘤诊疗中的研究进展2023

摘要

原发灶不明肿瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一类罕见且预后不良的恶性肿瘤，分析和寻找原发灶、组织类型或分子免疫特征对改善患者的预后具有重要意义。在精准医疗背景下，二代测序 (next-generationsequencing,NGS)可以利用肿瘤组织或外周血标本从基因层面对这类患者进行检测以指导诊断与治疗，延长患者生存期，改善预后。本文针对NGS样本的选择、NGS指导下的CUP患者的组织

溯源、分子特征、指导治疗等方面进行综述。

前言

原发灶不明肿瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一类相对罕见的肿瘤，即在体内发现了恶性肿瘤细胞，但无法通过临床、影像、病理及实验室指标等全面检查从解剖学上确定原发灶部位的转移性肿瘤。大多数CUP患者由于原发灶不明确，通常只能接受含铂/紫杉类的经验性化疗，预后较差，生存期较短，中位总生存期1年[1-3],所以积极寻找原发部位、研究组织类型或分子免疫特征对改善患者的预后具有重要意义。第二代测序(next-generationsequencing,NGS)也称高通量测序，是目

前最常用的基因检测手段之一，可以在较短时间内检测出肿瘤患者的基因

变异情况，辅助指导临床诊疗。欧洲肿瘤内科学会(ESMO)、国家综合癌症网络(NCCN)及中国抗癌协会都发布了关于在CUP患者中使用NGS的建议，NGS可以帮助50.9%的CUP患者找到原发灶[4],并可检测出具有临床指导意义的基因改变[5],包括靶向治疗靶点和免疫治疗生物标记物。本文针对NGS样本的选择、NGS指导下的CUP患者的组织溯源、

分子特征、指导治疗等方面进行综述。

01、NGS样本的选择

对于适合NGS检测分析样本的选择，临床中首选新鲜肿瘤组织标本，也可选择福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织、肿瘤细胞学样本及血浆等。未接受过靶向/免疫药物治疗的患者，NGS检测应首选经病理评估的组织样本，优先使用手术切除样本，也可选择活检样本，再次检测可选择液体活检样本进行动态监测；接受过靶向/免疫药物治疗的患者，应尽可能使用治疗后的样本，进而寻找治疗后新出现的耐药突变。基于手术切除或穿刺活检的肿瘤组织是CUP分子检测的主要样本，当转移性肿瘤组织样本难以获取或组织样本质控不合格时，体液样本，尤其是外周血循环肿瘤DNA (circulatingtumorDNA,ctDNA)则是研究CUP起源和分子特征的一种可行方法。与组织学检测相比，外周血ctDNA检测具有无创或微创、可反复取材等优势[6],但受正常细胞胚系变异或克隆性造血细胞体系突变

干扰，也会导致假阳性结果[7-8],假阳性率1%[9]。

02、NGS在CUP诊疗中的意义

2.1组织溯源，明确诊断

基因表达谱可在分子水平揭示肿瘤的组织起源，通过对比分析待测肿瘤组织样本与已知来源肿瘤分子层面的相似性，可以鉴别其肿瘤类型，寻找原发灶。日本研究团队的一项前瞻性、多中心、非随机的临床Ⅱ期研究[10]招募了111例CUP患者，基于NGS的RNA和DNA图谱分析预测出15个肿瘤原发部位，其中最常见的是肺癌(21.6%)、肝癌(15.5%)、肾癌(15.5%)、结直肠癌(12.4%),这与既往尸检分析的结果类似[11]。Schipper等[12]基于全基因组测序设计了一种预测算法,在CUP队列中，最常见的原发肿瘤略有不同，分别为非小细胞肺癌、胃食管癌、胰腺癌和

结直肠癌。

Mo等[13]报道了1例原发灶不明同时伴乳腺、肺、胃和卵巢多发性肿瘤的患者，在乳腺和肺肿瘤组织中使用NGS检测到伴有棘皮动物微管结合蛋白样与间变性淋巴瘤激酶融合基因(echinodermmicrotubule-associatedprotein-like4-anaplasticlymphomakinase,EML4-ALK)重排，该基因改变在非小细胞肺癌中较常见，综合免疫组织化学及NGS结果考虑原发灶为肺。Yu等[14]报道了1例胸骨后恶性占位性病变的患者，影像学均无法确定原发部位，通过NGS检测到人表皮生长因子受体2(receptortyrosine-proteinkinase2,ERB