基因芯片对癌症诊断及分类的应用.ppt

;1.肿瘤基因诊断及分类 2.基因芯片技术 3.Introduction of method of cancer diagnosis 4.research in Hematologic malignancies 5.research in Solid tumors 6.Using expression profiles in the clinic Perspective reference;1.肿瘤基因诊断及分类;1.1肿瘤基因诊断的策略;（1） 肿瘤相关基因的检测; p53基因突变主要为点突变，热点区域位于突变热点在第175、284、273密码子。约50%以上癌症患者有p53基因突变。突变后不仅自身的抑癌功能丧失，还可中和另一个野生型等位基因产物的抑癌功能（负显性作用）。 检测方法： PCR—SSCP PCR—测序 PCR—RFLP;多种病毒与肿瘤有关。 迄今已发现至少150多种病毒，如鸡肉瘤病毒（RSV）、小鼠白血病病毒（MuLV）、猫肉瘤病毒（FeSV）和小鼠乳腺肿瘤病毒（MMTV）等，均可引起动物肿瘤。但真正被证实与人类肿瘤直接相关的病毒并不多，主要有人类免疫缺陷病毒（HIV）、人类乙型、丙型肝炎病毒（HBV、HCV）、EB病毒（EBV）、人乳头瘤病毒（HPV）、人T细胞白血病病毒（HTLV）等。 对这些肿瘤相关病毒基因的检测，显然将有助于肿瘤的临床诊断，并对疗效监测、预后判断等具有重要参考价值。 ;（3）肿瘤标志物基因的检测; ; 其它的检测方法;1.2肿瘤基因诊断经历了三个基本发展阶段; 2.基因芯片技术;2.1DNA芯片技术的概念; 2.2DNA芯片的分类;合成DNA芯片;DNA微阵列;两类DNA芯片的比较;2.3DNA芯片技术原理;2.4DNA芯片技术流程;生物战剂检测;3.Introduction of method of cancer diagnosis ;Disadvantage of old methods;New diagnosis method－－ microarray;Advantages by using microarrays;Revealing expression profiles for cancer diagnosis and classification;Supervised method;class comparison;class prediction;Unsupervised method;calss discovery;Class Discovery: defining previously unrecognized tumor subtypes Class Prediction: assignment of particular tumor samples to already-defined classes;supervised分析： 1. 以已知患有白血病的患者为training set 2.用病人的切片进行microarry反应，建立了基因图谱 3.根据图谱选出在两类中具有表达差异的基因作为predictor set 4.试验样本testing set在predictor set上micoarray反应 5.再根据testing set中不同的predictor基因表达情况将其分类;Cancer of bone marrow骨髓癌 Myelogenous or lymphocytic, acute or chronic Acute Myelogenous Leukemia (AML) vs Acute Lymphocytic Leukemia (ALL) Marrow cannot produce appropriate amount of red and white blood cells Anemia - weakness, minor infections; blood cell deficiency - easy bruising AML: 10,000 new adult cases per year ALL: 3,500/2,400 new adult/child cases per year;Leukemia: Treatment expected outcome;38 bone marrow samples (27 AML, 11 ALL) 6817 human gene probes;General method for prediction issues: Determine if there are any genes with expre