Topos40软件分析MOFs拓扑实例.pptxVIP

Topos40软件分析MOFs拓扑实例第1页/共45页 主要内容Topos4.0软件下载官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/软件使用前检查及主要功能简介Topos4.0分析MOFs拓扑实例第2页/共45页 Topos4.0软件下载可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 网站上免费注册下载。除主程序之外，网站还提供说明帮助文件以及使用教程。为方便大家使用，网站把主程序和ttd，tto等文件集成在一起，制作成kit文件。我们只需要下载kit文件，解压即可使用。第3页/共45页 Topos4.0软件官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/第4页/共45页 Kit文件下载第5页/共45页 软件使用检查第6页/共45页 第7页/共45页 主要功能简介IsoCrystDirichletAutoCNHSiteDiAn (Distances and Angles)IsoTestADS第8页/共45页 主要功能简介第9页/共45页 分析MOFs拓扑实例以ZIF-8 为例，演示topos4.0软件分析MOF拓扑类型的具体流程多核金属和簇单元处理断键型分子筛-LTA 拓扑分析第10页/共45页 具体流程.cif 文件导入，生成.cmp文件；运行“IsoCryst”，点击图标， 查看分析结构；运行“autoCN”，点击图标， 分析配位数；运行“ADS”，点击图标， 分析结果。第11页/共45页 Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程第12页/共45页 双击此代码，查看ZIF-8的一些信息。第13页/共45页 运行“IsoCryst”第14页/共45页 运行auto CN第15页/共45页 第16页/共45页 第17页/共45页 运行“ADS”第18页/共45页 第19页/共45页 第20页/共45页 多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x第21页/共45页 Import .cif 第22页/共45页 IsoCryst第23页/共45页 AutoCN第24页/共45页 IsoCryst第25页/共45页 ADS第26页/共45页 第27页/共45页 Simplify adjacent matrix第28页/共45页 ADS第29页/共45页 断键型分子筛-LTA 拓扑分析Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887 第30页/共45页 Import，IsoCryst第31页/共45页 AutoCN第32页/共45页 Simplify adjacent matrix第33页/共45页 IsoCryst第34页/共45页 ADS第35页/共45页 第36页/共45页 Isocryst 第37页/共45页 ADS第38页/共45页 Export 第39页/共45页 diamond第40页/共45页 AutoCN第41页/共45页 ADS第42页/共45页 小结Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文件可用于systre 软件的输入文件；等等。对简单的化合物，智能化程度较高，如ZIF-8，全部按照默认操作进行即可。不具备纠错功能。分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。第43页/共45页 谢谢大家！第44页/共45页 感谢观看！第45页/共45页