单纯疱疹病毒中简单重复序列及其GC含量的研究.doc

人类疱疹病毒中简单重复序列及其GC含量的分布研究 PAGE II 单纯疱疹病毒中简单重复序列及 其GC含量的研究 摘 要 人类单纯疱疹病毒一型(Herpes simplex virus type 1 , HSV-1)和二型(Herpes simplex virus type 2, HSV-2)的感染是普遍存在于全世界的，它们感染人后经常引发各种疱疹和许多并发性疾病，对人类身体健康产生了极大危害。疱疹病毒有种特殊的致病机制，它们能从潜伏期到激活期过渡，初期感染时可能不会造成人体任何的症状，但当人体免疫机能下降时，该病毒就会激活并引起相关的疾病，这也是无法对该病毒进行早期发现和治疗的关键所在。近年来，随着单纯疱疹病毒感染率的提高，这种特异性的致病机制也越来越被人们所关注。本文以人类单纯疱疹病毒一型和二型的基因组序列为研究材料，利用IMEx（Imperfect Microsatellite Extractor）和MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）等软件对病毒基因组序列进行了SSRs（Simple Sequence Repeats）的提取和定位，再结合相关的统计学方法对SSRs的分布特点及其碱基偏向性进行了全面的分析。分析结果显示：在HSV-1中单核苷酸重复是最多的，而在HSV-2中单核苷酸重复和二核苷酸重复含量却相差不大，并且二核苷酸重复稍多于单核苷酸重复。在比较高阶SSRs时发现在HSV-2基因组中四核苷酸重复的相对频率明显高于HSV-1。值得注意的是在HSV-1和HSV-2基因组中C/G, CG/GC,(GGC)n 分别以绝对的优势存在于一型、二型和三型SSRs中，并且在所有的SSRs中GC含量明显高于整个基因组中GC含量。另外，随着SSRs长度的增长，在两病毒基因组中的含量呈现出减少的趋势。通过分析结果可以得出：尽管HSV-1和HSV-2的基因组有很高的相似率，但是在两病毒基因组中SSRs的含量和分布却有着各自的特点。在两病毒基因组中越长的SSRs含量越少，这可能与它的高突变率有关。在HSV-1和HSV-2病毒基因组中不管是在SSRs中还是在整个基因组中都呈现出了高GC的偏向性，这种高GC含量的SSRs在病毒基因组中可能起着重要的作用，特别是在翻译区SSRs中GC含量的偏向性将直接影响蛋白质的结构和功能。另外，本文的分析结果可能为单纯疱疹病毒的致病性、基因组结构和进化机制的研究提供一定的理论基础。 关键词：简单重复序列；单纯疱疹病毒；相对频率；GC含量 人类疱疹病毒中简单重复序列及其GC含量的分布研究 PAGE 44 PAGE III Abstract Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and type2 (HSV-2) infections are ubiquitous in whole world，it brings serious threat to human. It may not lead to any symptoms when people infected in the early. But it can reactivate from latency period when the bodys immune function decline. The special pathogenic mechanism is the key not to early detection and treatment for Herpes simplex virus. As infections increase, now more and more people pay attention to the specific pathogenic mechanism of herpes simplex virus. In the paper the simple sequence repeats(SSRs) in HSV-1 and HSV-2 genome were extracted and analyzed by the softwares Imperfect Microsatellite Extractor (IMEx) and Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA). The results showed that the mononucleotide SSRs were the most in genome of HSV-1, but in HSV-2 genome the mononucleotide SSRs and the dinuc