序列相似性搜索.ppt

第三十页，共40页。 BLAST format options 第三十一页，共40页。 BLAST format options: multiple sequence alignment 第三十二页，共40页。 第三十三页，共40页。 threshold score = 11 EVD parameters BLOSUM matrix Effective search space = mn = length of query x db length 10.0 is the E value gap penalties cut-off parameters We will get to the bottom of a BLAST search in a few minutes… 第三十四页，共40页。 一、序列相似性搜索的任务和目的 序列相似性搜索的任务 序列相似性搜索的目的 二、同源和相似 三、序列的BLAST分析(fēnxī) 四、专门的BLAST服务器 第一页，共40页。 1. 序列(xùliè)比较的任务： 发现序列(xùliè)之间的相似性 辨别序列(xùliè)之间的差异 2. 目的： 相似序列(xùliè) ? 相似的结构，相似的功能 判别序列(xùliè)之间的同源性 推测序列(xùliè)之间的进化关系 一、序列(xùliè)相似性搜索的任务和目的 第二页，共40页。 1. 同源（homology）- 具有共同的祖先(zǔxiān) 直向同源（Orthologous ） 共生同源（paralogous ） 2.相似（similarity） 同源序列一般是相似的 相似序列不一定是同源的 二、同源(tónɡ yuán)和相似 一般认为，蛋白质序列间至少(zhìshǎo)有80个氨基酸左右的区域有25%或更高的同源性；DNA序列具有75%以上的同源性有潜在的生物学意义。 第三页，共40页。 三、序列(xùliè)的BLAST分析 第四页，共40页。 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence comparison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and web-accessible. 基本(jīběn)局域联配搜寻工具 BLAST 第五页，共40页。 Website of BLAST /BLAST/ (BLAST2.0) http://www2.ebi.ac.uk/blast2/ (WU-Blast2) / (WU-Blast2) 第六页，共40页。 Why use BLAST? BLAST searching is fundamental to understanding the relatedness of any favorite query sequence to other known proteins or DNA sequences. Applications include identifying orthologs and paralogs discovering new genes or proteins discovering variants of genes or proteins investigating expressed sequence tags (ESTs) exploring protein structure and function 第七页，共40页。 Four components to a BLAST search (1) Choose the sequence (query) (2) Select the BLAST program (3) Choose the database to search (4) Choose optional parameters Then click “BLAST” 第八页，共40页。 第九页，共40页。 第十页，共40页。 Step 1: Choose your sequence Sequence can be input in FASTA format, plain text format or as accession number 第十一页，共40页。 Example of the FASTA format for a BLAST query 第十二页，共40页。 Step 2: Choose the