微生物分类及鉴定.pptxVIP

第十一章 微生物的分类和鉴定Chapter 11 Microbial Taxonomy and Identification 11.1 基本理论按照微生物的亲缘关系将其安排成条理清楚的各种分类单元和分类群的科学什么是微生物分类学(microbialtaxonomy)把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流 微生物分类的目的一. M分类学三个组成部分分类(classification) 鉴定(identification或determination)命名(nomenclature) 根据一定的分类原则对M进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。(根据现有数据建立系统的过程) 借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程) 根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称 二. 分类单元及其等级 界(亚界 ) 门(亚门 ) 纲(亚纲 ) 目(亚目 ) 科(亚科 ) 属(亚属 ) 种(亚种 ) 根据Carl Woese的理论，现在还在界之上使用域(domain)，即：古生菌域、细菌域、真核生物域。 生命世界的系统发育树状图1. 种(species): 物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。 DNA杂交同源性在60-70%以上;或者 16S rRNA序列同源性达97%以上的菌株定为一个种. 种的具体代表： 称为“模式种”（type species）2. 亚种(subspecies): 是正式分类单元中地位最低的分类等级 当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元--亚种。新种：新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许研究人员从中取得该菌种。 美国典型培养物保藏中心（ATCC）、德国微生物及细胞保藏中心（DSM） 国际系统细菌学杂志（IJSB） 型(form或type) 常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：抗原特征的差异，分为不同的血清型； 对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型3. 培养物（culture)是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。4. 菌株(strain) 从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。 模式菌株（type strain）：按照命名法则的要求，当命名一个新种时，需要指定一个菌株作为这个种的命名模式，这个被指定的菌株称为模式菌株。三.微生物的命名 命名：菌种的科学名称。菌种的学名是按照《国际细菌命名法规》命名的国际学术界公认，并通用的名称。命名原则（双名法）： 学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定名人和现名定名年份规定与常识：属名，首字母大写、单数、斜体。 种名加词，首字小写、斜体。学名=属名＋种的加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋定名年份 必要，用斜体排字 可省略，均用正体排字例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919例2：金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 在前后有两个或数个学名排在一起，且在其属名相同的情况下，后一学名中的属名可缩写成一个、两个或三个字母，其后加一点。如： Bacillus可写成“B．”或“Bac．”； Pseudomonas可写成“P．”或“Ps．”； Aspergillus可写成“A．”或“Asp．”等。 在实际工作中，有时筛选到一个有用的菌种，其属名很易确定，但种名还未确定。在这种情况下，当发表论文或进行学术交流时，其种的加词暂时可以用“sp．”（正体字）代替。例如： “Bacillus sp．”即表示一个尚未定出种名的芽孢杆菌，可译为“一种芽孢杆菌”； “Bacillus spp．”（spp．为species复数的简写）表示一批尚未定种名的芽孢杆菌，故可译为“若干芽孢杆菌”。亚种名: 三元式组合属名+ 种名加词 + subsp. 亚种名加词Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxydans