林麝转录组开发微卫星位点及圈养林麝的亲缘关系分析.pdf

摘要 摘要 林麝（Moschus berezovskii ）隶属偶蹄目（Artiodactyla ）、反刍亚目（Ruminantia ）、 麝属 （Moschus ，）、麝种 （Moschus berezovskii. ），是麝属中体型最小的动物，因成年 雄性林麝分泌麝香而闻名。由于麝香有巨大的经济价值，导致林麝被大规模偷盗捕杀， 林麝种群数量锐减，2002 年，林麝被列为国家一级重点保护动物；在2008 年的世界 自然保护联盟 （IUCN ）濒危物种红色名录中，林麝被评为濒危物种。 目前，人工养殖林麝是保护林麝种质资源和麝香获取的主要手段。但是由于单一 追求林麝数量，盲目繁殖，导致林麝种群遗传多样减少，林麝个体体质下降。为充实 林麝在遗传学方面的研究数据，对林麝养殖提供指导，丰富林麝的多态性位点，本文 进行了以下研究：提取死亡林麝的骨髓细胞进行培养，并从中获取林麝的cDNA 文库， 进行转录组测序，获取林麝的微卫星位点；从中选取100 个林麝微卫星位点进行验证， 通过筛选最终获得林麝9 个多态性微卫星位点，最后，我们利用这9 个微卫星位点对 凤县逢春林麝养殖场的15 只林麝样本进行了遗传多样性分析和聚类分析。所得主要结 果如下： 1.从死亡林麝的股骨头中成功分离出骨髓细胞，并且培养至P6 代。 2.利用骨髓细胞提取出林麝的RNA ，经反转后获得林麝的cDNA 文库；并根据转 录组测序分析的结果，选择了100 对林麝微卫星位点的引物，使用琼脂糖凝胶电泳对 其进行特异性检测后，100 对引物中有49 对引物有特异性。 3.将49 对引物进行多态性验证，最终获得9 个多态性微卫星位点。 4.利用这9 个微卫星位点对15 只引进的雄性林麝进行多态性和亲缘关系检测，发 现 15 只林麝的种群可以聚类为8 类，且之间的亲缘关系较远，其中编号为 11539 和 08562 的林麝在林麝种群中与其他林麝分支最远。 本研究结果证明转录组测序能够简便快捷的获取林麝的微卫星位点；本研究筛选 所得的微卫星标记也可用于揭示林麝的亲缘关系，有利于在林麝的养殖和繁育中筛选 优质个体，增加群体基因多样性，也为后续林麝亲缘鉴定提供参考。 关键词：林麝；转录组测序；微卫星位点；多态性 I 目录 目录 摘要 I 关键词： I Abstract III Key words: IV 目录V 第一章 文献综述 1 1.1 研究背景 1 1.2 微卫星的研究进展 1 1.3 微卫星标记的发展3 1.4 动物微卫星研究进展4 1.5 野生及保护动物微卫星研究进展5 1.6 林麝的微卫星标记研究发展6 1.7 林麝DNA 的提取7 1.8 转录组测序8 1.9 本研究的意义9 第二章 林麝转录组测序及微卫星位点获取 11 2.1 实验材料及方法 11 2.1.1 实验材料 11 2.1.2 实验仪器 11 2.1.3 实验试剂 12 2.1.4 试剂配制 13 2.1.5 实验方法 13 2.2 结果 14 2.2.1 林麝骨髓细胞的分离培养 14 2.2.2 林麝转录组测序结果 15 2.2.3 林麝转录组微卫星位点的分布及频率 16 2.3 讨论 17 V 西北大学硕士学位论文 第三章 林麝多态性微卫星位点的开发