新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析.PDF

·34 · 试验研究 2009 ( 34 ) 5 广东畜牧兽医科技 年 第 卷 第 期 新型鸭肝炎病毒 株全基因组序列分析 FS 1 2 1 1 1* 何冉娅 ，孙 伟 ，罗玉均 ，何逸民 ，张桂红 （1.华南农业大学兽医学院，广东 广州 510642；2.西南大学药学院，重庆 400715） 摘 要： 本试验参考GenBank 中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列，应用Pr i mer Pr emi er 5. 0 7 RT- PCR 软件，在序列保守区域分别设计了 对引物，通过 方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病 FS FS GenBank 毒 株进行了分段扩增，经过测序拼接整理，获得 株全基因组序列（ 中登录号为 EU877916 FS 7792 2251aa ）。序列分析表明， 株全长 个碱基，一个大的开放阅读框编码 。将各基因与国 G GenBank 内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析，结果表明，与 株（ 登录号为 EU755009 99. 2% FS G C- GY GenBank EU352805 ）核苷酸相似性最高，为 ，而 株与 株和 株（ 登录号为 ）的 99. 6% DHV- HS DHV- HSS 83. 6% 氨基酸相似性最高，均为 ，与 株和 株的相似性最低，均为 。系统发育树分 G 析发现，与 株亲缘关系最近。 关键词：新型鸭肝炎病毒；全基因组；序列分析 中图分类号： S858.32 文献标识码： A 文章编号： 1005-8567(2009)05-0034-05 Complete genome sequence analysis of strain FS, a new serotype of duck hepatitis virus 1 2 1 1 1 He Ranya , Sun Wei , Luo Yujun , He Yimin , Zhang Guihong (1.College of Veterinary Medicine, South