第九章蛋白质序列分析.ppt

* * * * * * * * * 当我们在实验中获得了一个蛋白质序列或者一组序列，我们需要可能多的获取该蛋白的有关信息，并在可以获得的信息的基础上对蛋白的功能进行预测，所以蛋白质序列的分析是必不可少的。 通过序列分析我们可以得到蛋白质序列的基本信息，并进一步可以预测有关蛋白质二级结构、三级结构、乃至四级结构的信息。 * * 新序列与数据库中的序列对比，寻找同源性或者相似的序列 寻找蛋白质中结构域或者功能域 提供结构域相应的信息、蛋白质功能位点的残基、蛋白质亲水表面和疏水核的氨基酸残基、得到更多的同源模建或二级结构预测的模板（需作手工校正） 显著同源关系（50%）：以击中序列的已知结构为模板对蛋白质进行精确的结构模型构建； 2. 当所击中的序列是分离的结构域，通过 二级结构预测和折叠识别寻找合适的折叠子，以折叠子为模板建模。 * * * * * * * Ramachandran图 结构叠加 * 一、蛋白质理化性质分析 使用工具：Protparam 二、跨膜区分析 使用工具：TMpred 三、二级结构分析 使用工具：PredictProtein 四、结构域分析 使用工具：InterProScan 五、蛋白质三级结构分析 使用工具：SWISS-MODEL/SWISS- PdbViewer 课程总结 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * InterPro 数据库简介 InterPro: http://www.ebi.ac.uk/interpro/ InterPro数据库由EBI开发，整合蛋白质家族、结构域和功能位点等资源。 整合UniProt、PROSITE、Pfam等12个成员数据库，检索结果准确。 目前最新的InterPro 28.0版本包含20837个条目，涵盖5608个结构域、13023个蛋白质家族。 InterPro数据库 数据库 网站 备注 UniProt http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 整合Swiss-Prot、TrEMBL和PIR数据库中有关的蛋白序列和功能信息 PROSITE http://www.expasy.ch/prosite/ 有关蛋白质家族和结构域的数据库 HAMAP http://www.expasy.ch/sprot/hamap/ 有关微生物蛋白质组自动、人工注释的高质量数据库 Pfam http://pfam.sanger.ac.uk/ 收集了大量的覆盖众多蛋白质结构域的多序列比对数据和隐马尔科夫模型 PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/ 蛋白质指纹图谱数据库，提供识别蛋白质家族的保守模序 ProDom http://prodes.toulouse.inra.fr/prodom/current/html/home.php 基于PSI-BLAST的同源蛋白结构域数据库 SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ 用于鉴定和注释可移动结构域并分析其结构 TIGRFAMS /TIGRFAMs/index.shtml 基于隐马尔科夫模型搜索蛋白质家族的工具 PIRSF /iproclass/ 提供从超家族到亚家族多层次蛋白质分类系统网 Superfamily http://supfam.cs.bris.ac.uk/SUPERFAMILY/ 对所有完成基因组测序的蛋白质，基于SCOP数据库的结构和功能注释 Gene3D http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/ 描述全基因组蛋白质家族和结构域 PANTER / 根据家族功能特异性区分蛋白家族和亚家族，基于规范的术语和代谢途径确定更精确功能 选择所需分析工具 结果返回形式 序列提交框 InterProScan 工具简介 InterProScan: http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 提供在线提交和本地分析工具（Linux系统） InterProScan 工具结果反馈 * 图形化结果（Picture View） 以示意图的形式显示保守区和结构域 表格式结果（Table View） 显示保守区和结构域的具体位置以及蛋白家族信息和GO分类号 保守区示意图 结构域示意图 * 保守区位置 结构域位置 结构域位置 InterPro 蛋白家族信息 AC号，家族名称 家族蛋白信息 其他数据库中的收录情况 相关的其他家族 条目类型 InterPro 蛋白家族信息（续） GO术语注释 说明 结构链接 数据库链接 InterPro 蛋白家