illumina设备及芯片介绍及临床应用.pptx

;主要内容;;操作繁杂，需较多人力，实验周期较长 细胞培养有可能失败，从而无法获得结果 只能检测较大片段的染色体结构异常 无法分辨亚微结构的异常 对来源不明的衍生染色体无法判断 ;用单个位点来检测某一条染色体 细胞需处于间期 荧光素种类有限 增加探针将导致准确性的下降 固定/核物质扩散 仅能检测5-8条染色体 ;必须使用对照样本，很难做家系分析 操作复杂，结果分析复杂 成本高 分辨率有限 不能检测拷贝数中性的染色体异常（UPD、CNLOH等），不能检测多倍体;7;细胞遗传学技术的发展;从显微镜到微阵列;5’-ACTGGGAATCCCGAAGTGTG C TGATTACA-3’ SNP是正常存在的遗传变异 SNP在人类基因中大约存在1000万个 SNP在人群中稳定遗传 SNP在基因组中的相对高频分布，非常适合用于关联分析 SNP是决定人类疾病易感性和药物反应差异的主要因素;将大量SNP 位点序列采用特殊方法固定在厘米见方的硅芯片上，获得高密度的SNP微阵列，然后与样品杂交，通过激光扫描、软件分析获得结果。 SNP微阵列技术用于产前诊断的操作步骤： 1. DNA提取 2. 全基因组扩增 3. 微阵列杂交 4. 扫描和数据分析 5. 报告 ;正常;13;14;15;16;;;BeadArray 技术;Probe;;Infinium 工作流程;全基因组扩增;片段化;杂交;;染色;成像;The Infinium HD Assay; 硬件平台及芯片介绍;细胞遗传学完整解决方案; 可应用于全基因组SNP研究，特定疾病研究及全基因组基因表达的研究 采用激光共聚焦扫描，具有532nm和658nm 两个激发光源 快速检测样本：全基因组表达芯片 2min/ 样本；全基因组SNP芯片 3-13min/样本 可自动进行成像定位和数据获取，无须手工校准; 标签SNP位点均匀地覆盖整个基因组 高密度的SNP位点标记在240多种遗传疾病的相关基因中 每个芯片有30万个SNP检测位点 分辨率高：平均分辨率31kb，比传统G显带核型分析分辨率高1000倍 每块芯片可检测12个样本 仅需200 ng的样本量;CDCS;Omni 芯片家族;;特种疾病的定制芯片;38;KaryoStudio 软件;40;临床应用; 案例1-染色体的重复;案例1-使用Infinium Cyto-12分析;;1. 造成孩子这种表型的原因 遗传了1号染色体的重复 2. 为父母解除困惑 可以解释为何他们的孩子会患病 可以确定再发的风险 3. 临床遗传学家就可以指导这对父母 如何优生优育 3.1 预防 产前诊断/产前筛查 胚胎植入前遗传学筛查/诊断 3.2 家族性预防 调查母亲的家系，防止这种情况在兄弟姐妹的孩子中再发生 ; 案例2-多态性携带;芯片检测结果;母亲和胎儿携带有同样的重复片段，可认定为多态性 如后期B超未发现异常，胎儿应视为正常 ;芯片技术的临床诊断流程;;1. 能快速获得全部染色体畸变信息 1）检测范围广：非整倍体、多倍体、微重复、微缺失、UPD/LOH、嵌合体； 2）适用样本范围广：外周血、孕早期绒毛、羊水、脐血、流产组织、胚胎单细胞； 3）无论哪种样本，都能给出清晰准确的数据，结果清晰、容易判读，同时提供对应基因及疾病信息，方便临床诊断 ； 2. 检测精确度可达6 kb-31kb，准确定位染色体片段位置和大小，准确检测单个基因的缺失/重复；两种结果信息，结果判读容易。 3. 操作简便，成功率高，最快41h可以出具报告，帮助医生尽早做出诊断； PGD：41h 可出结果，不影响新鲜周期胚胎移植； 芯片价格低，适合临床应用，病人负担轻，科室收???成本较快； 售后服务完善，从操作培训到数据分析，完善的技术支持，最快的响应时间。 ;; ;使用Illumina SNP 微阵列技术的实验室