白血病突变组分析.ppt

白血病突变组分析（mutaome）暨基因突变筛查项目介绍 陆道培血液•肿瘤中心 分子诊断室 刘红星 lhongxing@ 2012-9-28 陆道培血液•肿瘤中心 院内报告 肿瘤突变组（mutaome） 于2012年8月陆道培血液•肿瘤中心主办的血液病诊断和治疗研讨会上首次提出“突变组”的概念 每一个肿瘤细胞都是多种基因突变积累的结果 在特定的患者、特定时间，其肿瘤细胞携带的突变组合不同 不同的突变组合决定了每个患者独特的发病过程、病理生理学表现、治疗反应和病情发展 有明确意义的基因突变越来越多被鉴定 全面了解肿瘤基因突变情况 更精细地诊断分型、评估预后、制定个体化治疗方案 基因突变筛查是经济有效的方法 常见的肿瘤基因异常类型 融合基因：染色体宏观结构异常 基因突变：单个或多个碱基异常 GT JAK2 V617F 基因表达异常：原癌基因活化或抑癌基因失活，WT1等 白血病分子诊断应用现状和展望 融合基因 历史：发现染色体易位 — 鉴定融合基因 转录组测序 — 将发现更多隐匿性易位或微缺失形成的融合基因 基因突变 传统方法不易发现，目前鉴定较少 肿瘤外显子组测序大大促进了肿瘤基因突变的鉴定 原癌基因 正常组织器官也可能表达，特异性和灵敏性的问题 Translocation 肿瘤的N次打击和克隆演变 Michael R. Stratton et. al, NATURE, Vol 458, 9 April 2009 每个肿瘤都是基因变异的团伙在犯罪 主犯 JAK2、MPL、CEBPA、NPM1等突变 帮凶 KIT、FLT3、DNMT3A、TET2、P53等突变 从犯 原癌基因活化：WT1、HOX11 不明真相的参与者 PIGA等突变 过客突变 无功能的突变。我只是来打酱油的。。。 不同突变在肿瘤发生中的作用不同 信号传导 NRAS、KRAS、PTPN11、CBL、JAK2、MPL。。。 转录因子 RUNX1、ETV6。。。 表观遗传学 TET2、DNMT3A、IDH1、IDH2、ASXL、EZH2。。。 转录剪接 SF3B1、SRSF2、U2AF1。。。 抑癌基因失活、基因修复缺陷 TP53、FA相关基因突变。。。 免疫监视缺陷 HLA缺失、PRF1突变。。。 肿瘤突变组分析临床应用的范例 97.3%的AML患者携带其中一种或以上的基因突变 预后差：FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6 预后好：CEBPA、IDH2、NPM1伴IDH1/IDH2突变 伴DNMT3A、NPM1突变、MLL易位患者，采用大剂量的柔红霉素治疗可提高生存率 Prognostic Relevance of Integrated Genetic Profiling in Acute Myeloid Leukemia Jay P. Patel, et al., N Engl J Med 2012;366:1079-89 MPN中常见的基因突变 MDS中常见的基因突变 不同类型白血病间的分子克隆演变 肿瘤突变组分析临床应用的意义 只根据一种融合基因分类的患者仍有异质性 AML1-ETO VS. AML1-ETO+KIT突变 只检测一种突变也是不够的 NPM1 VS. FLT3 VS. NPM1+FLT3 新的突变出现可预示临床进展 急变、耐药等 对肿瘤突变组的全面了解有助于指导个体化治疗 分子诊断的发展趋势及挑战 Lucy A. Godley, DOI:0.1056/NEJMe1200409 分子诊断临床应用遇到的问题 临床医师如何认识新发现的基因突变的意义？ 实验室如果向临床医师推荐新的项目？ 如何提高突变的检测灵敏度？ 如何降低检测费用？提高发现分子标记的速度？ 我们的解决方案 -- 基因突变筛查 AML基因突变筛查（11种） CEBPA；DNMT3A；FLT3-ITD/TKD；IDH1；IDH2；KIT；KRAS；NPM1；NRAS；TET2；WT1 ALL基因突变筛查（11种） FBXW7；FLT3；KRAS；IKZF1；JAK1；JAK2；NOTCH1；NRAS；PAX5；PHF6；MLL-PTD MPN基因突变筛查（7种） IDH1；IDH2；JAK2；KIT；MPL；SH2B3(LNK)；TET2 MDS基因突变筛查（8种） DNMT3A；IDH1；IDH2；JAK2；MPL；SF3B1；SRSF2；TET2 不远的将来：高通量基因测序的应用 降低单位检测成本 加入更多的检测内容 外显子组突变分析，真正的肿瘤“全突变组”分析成为可能 深度测序 – 突变MRD监测 IG、TCR免疫组库分析 基因突变筛查的特点和意义 同一患者可能同时存在多种基因突变 可与融合基因或其它基因突变同