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感染性疾病与个体遗传背景 第二军医大学长征医院 赵书民 缪晓辉 2004.12 影响感染性疾病结局的因素 病原体 个体因素 影响感染性疾病结局的因素 病 原 体 毒力的差异 基因变异 基因型基因型、亚型、株、准株(种) 耐药基因 等等… 影响感染性疾病结局的因素 个 体 因 素 年龄、性别、合并症、基础疾病 个体的遗传背景(易感性？) 不同物种感染同一种病原体的结局不同 不同种群感染同一种病原体的结局不同 不同个体感染同一种病原体的结局不同 不同个体对同一种治疗措施的反应不同 个体遗传背景 个体遗传背景 与免疫系统有关： HLA、细胞因子(关于TNFα)及其受体、黏附分子、补体受体CR1 与免疫系统无关： 组织器官特异性：病原体受体、胞内物质如酶、核因子等 个体遗传背景 不能割裂地看待宿主与病原体 遗传背景的研究方法 候选基因法 HLA复合体 细胞因子多态性 病原体受体多态性 全基因组扫描 微卫星多态性 SNP 差异筛选 候选基因法 确定候选基因 HLA复合体、各细胞因子基因、甘露糖结合凝集素(MBL)、VDR，等等 候选基因突变体的筛查： IMGT/HLA 序列数据库 细胞因子多态性数据库 关联/连锁分析： 基于群体遗传学的关联分析(如病例对照研究) 连锁分析：核心家系、患病同胞对 功能或机制研究： 几种重要感染性疾病的遗传背景研究概况 结核 HIV感染 病毒性肝炎 HBV HCV 疟疾 Tuberculosis Tuberculosis HIV Infection Malaria Malaria Hepatitis B Hepatitis C 几种重要感染性疾病的遗传背景研究概况 国内的研究情况 主要集中在乙型病毒性肝炎结局与HLA-II类分子、以及细胞因子多态性等的关联分析 报告的HLA II类分子(汉族人群)包括: 易感： DRB1*0301、DQA1*0501 、DQB1*0301、DRB1*120X、DR3等。 保护：HLA-DRB1*1101/1104 和 HLA-DQA1*0301 未就HLA I类分子与HBV感染结局的关系进行研究 应注意的几个问题 人种差异 关于实验设计 病例组/对照组的选择 样本量的问题 HLA分型的技术方法 统计分析的问题 关于病原与宿主的关系 应注意的几个问题 应注意的几个问题 2.关于实验设计的问题 病例组与对照组的选择问题 要尽可能控制能够影响感染结局的其它因素：如感染时的年龄、基础疾病、合并症等 暴露强度尽可能均一 关于样本量的问题 应注意的几个问题 3.HLA分型的技术方法 血清学的方法 Sequence-Specific Oligonucleotide Probes Primers: 73 Probes:577 测序分型(SBT) 应注意的几个问题 4.关于统计分析的问题 Hardy-Weinberg遗传平衡检验 应注意的几个问题 5.病原体与宿主的相互作用问题 HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 长征医院感染科 HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 病例对照研究设计(病例:对照=1:2) 候选基因：HLA-A，HLA-B，HLA-DRB1 上海地区汉族人群 病例组：成年感染HBV，持续HBV DNA阳性 对照组：成年人在未接种乙肝疫苗的情况下出现任何一种或多种HBV相关抗体阳性，HBV DNA阴性 样本量 已调查421人。病例组：71例，对照组：128例。 HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 主要的检测指标： HBV血清学标志物 HBV DNA检测 HBV基因型检测 HLA分型检测 HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 人基因组DNA标本的质控： Fast2000人全血基因组抽提试剂盒 琼脂糖凝胶电泳 TNFα启动子多态性片段的扩增和测序 HLA测序分型的质控： 中国1%人类基因组计划北方中心(华大基因)测序 专业软件分型 送检已知HLA基因型的参照标本 同一标本重复编号送检 HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 统计分析流程： Hardy-Weinberg Equilibrium Test(遗传平衡检验) 连锁不平衡分析 等位基因频率、相关等位基因阳性个体频率的单因素分析(卡方检验) HLA-A，HLA-B，HLA-DRB1等位基因频率与其它汉族人研究样本相应位点等位基因频率的比较 多因素分析(Logistic回归) 单倍型分析 统计软件：Cervus, GenePop，SAS 8.1e HLA复合体多态性与HBV持续感染的关系研究 参照人群 样本一：中国南方汉族人 (2n=564) (HLA I) 样本二：新加坡