人心果转录组Denovo组装及奇可胶途径相关基因的分析-园艺学报.PDF

园艺学报，2018 ，45 (7) ：1382 –1392 Acta Horticulturae Sinica 1382 doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0661；http ：//www. ahs. ac. cn 人心果转录组 De novo 组装及奇可胶途径相关 基因的分析 1 1 2 1 1,* 刘慧敏 ，庆 军 ，胡晶晶 ，杜红岩 ，乌云塔娜 1 2 （中国林业科学研究院经济林研究开发中心，郑州 450003 ； 懿奈（上海）生物科技有限公司，上海 200335 ） 摘 要：为了探索人心果（Manilkara zapota L. ）的转录组及奇可胶合成相关的基因，使用 Illumina 测序平台，对人心果果实、树皮和叶片分别进行转录组测序，使用 Trinity 等软件进行 De novo 组装和注 释以及计算表达量，采用实时荧光定量 PCR 对转录组数据进行验证。经过组装得到 162 455 条 unigene ， 总长度达 139 792 553 nt，平均长度达 861 nt，N50 达 1 544 nt。通过与NR 、NT 、Swiss-Prot、KEGG 、COG 和 GO 等数据库比对，共计 89 628 条 unigene 得到注释。以组装出来的 unigene 作为参考序列，在人心果 转录组中共鉴别出 57 362 个 SSR 位点，果实、叶片和树皮表达的基因中分别检测到 99 925、65 989 和 129 109 个 SNP 位点。在人心果转录组中共鉴别出 105 个与奇可胶合成相关的 unigene ，参与甲羟戊酸（MVA ） 途径的基因在果实和树皮中表达量较高，磷酸盐（MEP ）途径中的基因则在叶片中的表达量较高，实时 荧光定量 PCR 结果与转录组计算得到的表达量一致。初步推测 MVA 途径可能是奇可胶合成的主要途径。 关键词：人心果；转录组；奇可胶 中图分类号：S 667.9 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2018 ）07-1382-11 De novo Transcriptomes and Genes Involved in Chicle Biosynthesis of Manilkara zapota 1 1 2 1 1,* LIU Huimin ，QING Jun ，HU Jingjing ，DU Hongyan ，and WUYUN Tana 1 （Non-timber Forestry Research and Development Center ，Chinese Academy of Forestry，Zhengzhou 450003 ，China； 2Inertia Shanghai Biotechnology Co. ，Ltd. ，Shanghai 200335 ，China ） Abstract ：To study the transcriptomes and genes related to chicle biosynthesis of