基因组和序列数据库EMBLTheEuropeanMolecularBiology.DOC

基因组和序列数据库 EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）欧洲分子生物学实验室，于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，现在由欧洲30个成员国政府支持组成，目的在于促进欧洲国家之间的合作来发展分子生物学的基础研究和改进仪器设备、教育工作等。分7个部分：结构、分化、物理仪器、生化仪器、生物仪器、计算机和应用数学。包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部。由于具有开放和创新的良好学术氛围，EMBL已发展成欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。目前,在研究中已经建立了先进的核苷酸序列数据库。 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)日本DNA数据库于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库，每日都 交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据 库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。 DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务 GenBank由 位于马里兰州Bethesda的美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan ,DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（ European Molecular Biology Laboratory, EMBL） 一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。GenBank序列数据库是一个开放存取的数据库，是所有已被公开的序列的集合，由美国国立生物技术信息中心维护。GenBank和其合作者收到世界各地实验室中测得的10多万不同的生物序列。 GenBank内的数据量现仍然以指数级的速度增长，平均每18个月翻一番。GenBank核酸序列数据库涵盖了从完整基因组到单个基因等序列数据及部分注释信息，称一次数据库。此外，还有些更有针对性的基因组资源，或称专用数据库。这些专用数据库既包括了上述一次数据库的部分数据，也包括从其它数据库资源获得的信息或交叉链接。这种专门数据库主要分为两大类，一类是模式生物基因组数据库，另一类则与特殊的测序技术有关。这类数据库尽管也包含序列数据，但它们的特色主要是为某一特定的模式生物提供一个完整的数据资源，如酵母（Saccharomyces?cerevisiae）、线虫（Caenorhabditis?elegans）、果蝇（Drosophila?melanogaster）、拟南芥（Arabidopsis?thaliana）、幽门螺杆菌（Helicobacter?pylori）等。这些数据库从各个不同层次上搜集整理有关信息，以便对某个模式生物全基因组有一个更加完整的了解。 ?SGD 酵母基因组数据库SGD（Cherry?et?al.,1998）是已经完成基因组全序列测定的啤酒酵母基因组数据库资源，包括啤酒酵母的分子生物学及遗传学等大量信息。通过因特网可以访问该数据库的全基因组信息资源，包括基因及其产物，一些突变体的表型，以及各种有关的注释信息。酵母基因组是于1998年完成基因组全序列测定的第一个真核生物基因组，其重要性不言而喻。SGD将各种功能集成在一起，生物学家可通过该数据库进行序列的同源性搜索，对基因序列进行分析，注册酵母基因名称，查看基因组的各类图谱，显示蛋白质分子的三维结构，设计能够有效克隆酵母基因的引物序列等。该数据库通过方便实用、形象生动的图形界面为用户提供酵母基因组的物理图谱、遗传图谱和序列特性图谱等信息。 TDB 美国基因组研究所TIGR的TDB数据库包括DNA及蛋白质序列、基因表达、细胞功能以及蛋白质家族信息等，并收录有人、植物、微生物等的分类信息，是一套大型综合数据库。此外，该数据库还包括一个模式生物基因组信息库，收录了TIGR世界各地微生物基因组信息，包括致Lyme病螺旋体（B.?Burgdorferi）、流感嗜血菌（H.?Influenzae）、幽门螺杆菌（H.?Pylori）和生殖道支原体（M.?genitalium）等，以及寄生虫数据库(T.?brucei?P.?falciparum)，人、鼠、水稻、拟南芥（A.?Thaliana）等基因组信息资源，其中有些数据可以由TIGR的FTP站点下载。 DBEST?DBEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列