实验二 序列相似性查询工具的使用.doc

实验二 序列相似性搜索软件—BLAST的使用 一、实验目的：掌握序列相似性查询工具—BLAST使用方法和技巧，理解与序列相似性查询相关的几个基本概念。 二、实验原理：BLAST是基本的局部对位排列搜索工具，它通过搜索序列数据库来找出最优的无空位局部对比，从数据库中找出与查询序列的某些子序列相似的子序列。 三、实验器材：计算机，NCBI、EMBL生物信息学数据库的核苷酸序列、BLAST序列相似性搜索软件。 四、实验内容：应用上次或本次实验查找到的不同物种的不同基因组的核苷酸序列，在NCBI数据库中进行核苷酸序列的BLAST相似性搜索。 五、实验步骤： 1、打开NCBI网站的主页，然后点击网页左侧工具栏中的Sequence analysis项，进入到序列分析的主页面。 2、然后点击序列分析工具栏中的BLAST选项，进入相似性搜索的界面，然后选择核苷酸序列搜索软件BLASTn。 3、在进入核苷酸序列相似性搜索的界面后，在界面上Enter Query Sequence后面的方框中输入需要进行相似性搜索的序列，然后点击BLAST检索按钮，就可以进行搜索。 4、在进入搜索结果的界面后，就可以得到搜索结果的可视化图像和搜索得到的相关序列。 六、实验要求：每个组每个同学至少用4条核苷酸序列进行BLAST相似性搜索。将相似性搜索结果中的可视化图像和搜索的相关序列拷贝下来作为实验内容。 七、实验结果： 例1： （物种名、基因名） 实验结果： 1. （冬虫夏草，18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S） Distribution of 101 Blast Hits on the Query Sequence [?] Legend for links to other resources: UniGene GEO Gene Structure Map Viewer PubChem BioAssay Sequences producing significant alignments: Accession Description Max score Total score Query coverage E value Max ident Links HQ918290.1 Paecilomyces sinensis 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence 1122 1122 98% 0.0 100% HM135164.1 Paecilomyces sp. SJL0906 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence 1081 1081 98% 0.0 97% AB044644.1 Paecilomyces sp. 97014 gene for 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 26S rRNA, partial and complete sequence 1077 1077 98% 0.0 97% AY491998.1 Paecilomyces sp. NSP-2003 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 1038 1038 96% 0.0 97% 2. （枯草杆菌，16s） Distribution of 107 Blast Hits on the Query Sequence Legend for links to other resources: UniGene