核酸与蛋白质的分析（ii）12.ppt

核酸與蛋白質的分析 (II);上次課程複習;反轉譯出的核酸序列可能與原序列不同;反轉譯出的核酸序列與原序列不同， 是否可在Genbank中找到原序列?;提 示;Submit sequence for blast analysis;Format blast result;Wait for results;Blastn results;Search for short, nearly exact matches;反轉譯出的核酸序列，在Genbank中不找到原序列。 該怎麼辦?;上述序列是來自於 Xenopus laevis的TFIIIA 基因，如何才能查到此序列?;有了整個基因的核酸序列，要怎麼找相似的基因?;提 示;解答 – 尋找序列;解 答 - blastp;;;;若想知道TFIIIA 蛋白質中是否有蛋白質模組樣式(pattern)，應使用哪一個程式分析? ;解 答;甚麼是 ZINC_FINGER_C2H2_1?;鋅指(zinc finger)模組的發現 ;Diagonal MatrixMethod;Scoring;在Emboss套組中是否有繪製dotplot 的程式? ;解 答;甚麼是window size與threshold?;Window;Threshold;三維示意圖 ;在dotplot 上可以看到多少個鋅指模組? ;討 論;;How to read a dot matrix plot?;What is the pattern of repeats?;基因的特徵:分子解剖學;基因的調控:分子生物學;蛋白質可以辨識核酸序列;怎樣尋找可能的蛋白質接合位置?;解 答;EMBOSS: fuzznuc;;;;nZq$t*x-A1D5G8KbNeQiTlWo#r%v(y+B3E6H9LcOgRjUmYp!sw)z0C4F7JaMdPhSkVnZq$u*x-A2D5G8KbNfQiTlXo#r%v(y0B3E6I9LcOgRjVmYp!tw)z1C4G7JaMePhSkWnZr$u*x+A2D5H8KbNfQiUlXo#s%v(y0B3F6I9LdOgRjVmYq!tw-z1C4G7JbMePhTkWnZr$u(x+A2E5H8KcNfRiUlXp#s%v)y0C3F6IaLdOgSjVmYq!t*w-z1D4G7JbMeQhTkWoZr$u(x+B2E5H9KcNfRiUmXp#sv)y0C3F7IaLdPgSjVnYq$t*w-A1D4G8JbNeQhTlWs%v)y0B3F6IaLdOgSjVmYq!t*w-z1D4G7JbMeQhTkWoZr$u(x+B2E5H9KcNfRiUmXp#sv)y0C3F7IaLdPgSjVnYq$t*w-A1D4G8JbMeQhTlWoZr%u(x+B2E6H9KcOfRiUmXp!sv)z0C3F7IaMdPgSkVnYq$t*x-A1D5G8JbNeQiTlWo#r%u(y+B3E6H9LcOfRjUmYp!sw)z0C4F7IaMdPhSkVnZq$t*x-A2D5G8KbNeQiTlXo#r%v(y+B3E6I9LcOgRjUmYp!tw)z1C4F7JaMePhSkWnZq$u*x+A2D5H8KbNfQiTlXo#s%v(y0B3E6I9LdOgRjVmYp!tw-z1C4G7JaMePhTkWnZr$u*x+A2E5H8KcNfQiUlXp#s%v)y0B3F6IaLdOgSjVmYq!tw-z1D4G7JbMePhTkWoZr$u(x+A2E5H9KcNfRiUlXp#sv)y0C3F6IaLdPgSjVnYq!t*w-A1D4G8JbMeQhTlWoZr%u(x+B2E6H9KcOfRiUmXp#sv)z0C3F7IaLdPgSkVnYq$t*w-A1D5G8JbNeQhTlWo#r%u(y+B2E6H9LcOfRjUmXp!sw)z0C4F7IaMdPhSkVnZq$t*x-A1D5G8KbNeQiTlWo#r%v(y+B3E6H9LcOgRjUmYp!sw)z1C4F7JaMdPhSkWnZq$u*x-A2D5H8KbNfQiTlXo#s%v(y0B3E6I9LdOgRjVmYp!tw)z1C4G7JaMePhSkWnZr$u*x+A2D5H8KcNfQiUlXo#s%v)y0B3F6I9LdOgSjVmYq!tw-z1D4G7JbMePhTkWoZr$u(x+A2E5H8KcNfRiUlXp#s%v)y0C3F6IaLdOgSjVnYq!t*w-z1D4G8JbMeQhTkWoZr%u(x+B2E5HOgSjVmYq!tw-z1C4G7JbMePh