基于生物信息学数据库的基因序列比对算法的设计与实现文档.doc

编号： 毕业设计说明书 题 目： 基于生物信息学数据库的 基因序列比对算法的设计与实现 院 （系）： 应用科技学院 专 业： 计算机科学与技术 学生姓名： 易聪聪 学 号： 0401110231 指导教师单位： 桂林电子科技大学 姓 名： 王文翰 职 称： 讲 师 题目类型：(理论研究 (实验研究 (工程设计 (工程技术研究 (软件开发 2008年 6 月 5 日摘 要 序列比对是生物信息学中的一个基本问题,通过序列比较可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息,序列比较的基本操作是比对。随着生物序列数据库中序列数据的激增，开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法就显得非常迫切。 本文研究了生物信息学中的双序列和基于生物序列数据库的序列比对算法。通过C#语言结合面向对象与动态规划思想设计实现了一个包含Needleman-Wunsch、Smith-Waterman和BLAST算法的基于Windows操作系统的中文序列比对系统。其功能主要有序列查看，序列比对算法选择、参数选择，比对结果输出等。可分别适用与双序列间的全局比对、局部比对以及基于生物序列数据库的序列搜索。虽然系统实现的初期有一些不完善的功能。经过测试和修整，系统已经可以长时间稳定运行。 用户通过使用该系统从数据库中搜索可以轻松获取基因序列功能、结构信息Abstract Sequence alignment is a basic field in Bioinformatics.We may discover functional,structural and evolutionary information in biological sequences by sequence comparing. Because sequence data increase rapidly in biology sequence database, it is very exigent to develop algorithms that have high biology sensitivity and efficiency. Pairwise and sequence alignment algorithms base in biology sequence database of Bioinformaics are studied in this Paper.And a Chinese sequence alignment software system which was based in Windows operating system and included Needleman-Wunsch, Smith-Waterman and BLAST algorithms was programmed in C# programme language with using the thought of the object-oriented and Dynamic programming.Its Main functional are show the sequence, choose the algorithms, preferences, Output and so on.The system should be used in the Global sequence alignment and the local sequence alignment in Pairwise sequence or to find out sequence in biology sequence database of Bioinformaics. Although the system realizes the initial period has some imperfect function. After the test and the conditioning, the system already might be steady operation for a long time. Users could easily get functional and structura