[文学研究]07_基因组浏览器.pdf

基因组浏览器 • 已知 基因的名称 • 进一步了解 定位、组成、邻近基因 • 介绍三个主要的基因组浏览器。 • 以ADAM2基因为例，了解这三个基因组浏览 器的相同点和区别。 NCBI人类基因组图谱 • / NCBI人类基因组图谱 NCBI人类基因组图谱 检索结果显示 • 染色体图上标出8号染 色体短臂p • ADAM2在NCBI的两个 图谱中：Genes_cyto, Genes-_seq • 点击结果中的ADAM2， 可以显示图谱。 NCBI人类基因组图谱 • 最右边的图谱是主图谱，提供最多的细节。 • 点击左栏的Zoom区，可以缩放显示内容。 NCBI人类基因组图谱 • Hs_UniG 图谱显示已经与基因组进行序列比对的 人类UniGene 簇。 – 灰色的直方图描述了比对的ESTs 的数目 – 蓝色线条显示了UniGene 簇在基因组中的定位 – 粗蓝色线是进行序列比对的区域,即外显子 – 细蓝色划线则表示潜在的内含子。 • Genes_seq是基因序列图谱，描述内含子/外显子 组成。 • O，Orientation，基因转录的方向 。 向下为正链；向上为负链。 NCBI人类基因组图谱 • Links – sv, Sequence View，表明基因在contig上的位置。 – ev, Evidence Viewer, 给使用者提供证据浏览。 – mm 为Model Maker 的链接，显示当GenBank mRNAs、 ESTs 及基因预测与基因组序列比对时的外显子。 – hm, Human-Mouse Homology Map, 显示人类和小鼠 等之间同源的基因组序列。 NCBI人类基因组图谱 • E，Evidence – C, Confirmed gene model – E, EST only – PE, Predicted + EST – P, Predicted only – ?, Conflict – I, Interim LocusID NCBI人类基因组图谱 Zoom UCSC基因组图谱 • / UCSC基因组图谱 UCSC基因组图谱 UCSC基因组图谱 UCSC基因组图谱 Ensembl基因组图谱 • Ensembl基因组图谱 • Home: 选择物种 Genome Browser: 选择搜寻项目和关键词 TextView • TextView GeneView • GeneView Predicted Transcription View Transcription View Exon View Protein Gene Location Genomic Location Located in Sequence Ensembl基因组图谱 Ensembl基因组图谱 • TextView Ensembl基因组图谱 • GeneView • ENSG00000104755