基于PCR2DGGE指纹图谱川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁-水生生物学报.PDFVIP

第 31 卷 第 5 期 水 生 生 物 学 报 Vol 3 1 ,No 5 2 0 0 7 年 9 月 ACTA HYDROBIOLOGICA SINICA Sep . , 2 0 0 　7 基于 PCRD GGE 指纹图谱川纹笛鲷及圆白鲳 消化道壁优势菌群结构比较分析 1 ,2 2 2 2 3 2 周志刚 　石鹏君 　姚 　斌 　何夙旭 　苏永全 　丁兆坤 ( 1 汕头大学海洋生物研究所 ,汕头 　515063 ; 2 中国农业科学院饲料研究所 , 北京 　100081 ; 3 厦门大学海洋与环境学院 , 厦门　361005) ( ) 摘要 :本文采用免培养的 16S rDNA 梯度凝胶电泳技术 DGGE 对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷 L utj anus sebae 及圆 白鲳 Ep hipp us orbis 消化道壁优势菌群结构进行了比较分析 。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量 细菌群落 ,对 DGGE 指纹图谱聚类分析表明两种鱼肠道壁及 胃壁菌群组成相似度高于 50 % ,其中二者肠道壁细菌 ( ) 组成相似性最高 67 % ,这些可能与两种鱼养殖在同一水域 、摄食相同饵料相关 ,另外通过软件对 DGGE 指纹带谱 相对丰度分析表明同种鱼肠道壁及胃壁具有相同最大优势菌群 。同时 ,两种鱼消化道壁之间在细菌多样性及相对 丰度上亦存在明显区别 ,圆白鲳消化道壁细菌多样性要高于川纹笛鲷 ,这可能归因于川纹笛鲷与圆白鲳在天然环 境中栖息地的差异性 。本研究通过首次建立不同海水鱼消化道壁 16S rDNADGGE 指纹图谱及比较分析 ,为澄清海 水鱼消化道壁微生物区系奠定基础 。 关键词 : 川纹笛鲷 ; 圆白鲳 ;16S rDNA ;DGGE 指纹图谱 ( ) 中图分类号 :Q 9388 　　文献标识码 :A 　　文章编号 2007 　　作为我国海洋资源利用的重要板块 ,海水鱼养 微生态环境的重要成分 。Smith 早在 20 世纪 30 年 殖目前面临两个关键 问题[ 1] : ①苗种培育成功率 代开始探讨鱼类细菌 ,从 50 年代开始研究鱼类肠 低 ,限制了海水鱼苗的供给及集约化养殖的发展 ; 道细菌[8 ,9 ] ,相关报道非常丰富 。然而 , 一方面 ,这 ②病害防治所致的抗生素滥用 。生态养殖成为突 些研究大多以肠道 内容物或包含食糜的肠管为研 破海水鱼养殖瓶颈的关键方式 ,而其中益生菌的开 究对象 ,而较少单独关注肠壁菌群 ,有研究表明肠 发则成为了生态养殖的重要手段[2 ] ,然而由于借鉴 壁菌群结构显著性区别于肠道内容物菌群 ,并且非 畜禽思路所研制的水产益生菌存在难定植的不足 , 常稳定 , 是真正意义上 的可定植菌群[ 10 ] ; 另一方 其功能效应较难充分发挥[3 ] ,益生菌直接施加到水 面 ,这些研究均依据常规的人工培养法 ,存在一定 体亦存在一些隐患[4 ] : ①破坏水域环境中的微生态 局限性[ 11] : ①自然界很多微生物不能人工培养 ; 平衡 ; ②利用效率低导致过度使用 ; ③作为海水