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不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用-东南大学学报
第 卷第 期
32 3 东南大学学报(自然科 学版 ) Vol32No3
年 月
2002 5 ( ) May2002
JOURNALOFSOUTHEASTUNIVERSITY NaturalScienceEdition
不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用
顾万君 马建民 周 童 孙 啸 陆祖宏
(东南大学吴健雄实验室,南京 210096)
摘要:对 个编码不同折叠类型蛋白( 种全 结构蛋白, 种全 结构蛋白, 种 结
195 50 66 37 +
α β α β
构蛋白, 种 结构蛋白)基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明,不同折叠类型蛋白
42 ?
αβ
的密码子使用偏性有着显著的区别 特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用
.
模式 这一结果表明,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中,编码基因的密码子
.
使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准.
关键词:密码子偏性;蛋白质折叠类型;蛋白质二级结构预测;方差分析
中图分类号: 文献标识码: 文章编号: ( )
Q52 A 1001-0505200203036205
Codonusageingenescodingforproteinswithdifferentfoldingtypes
GuWanjun MaJianmin ZhouTong SunXiao LuZuhong
( , , , )
ChienShiungWuLaboratorySoutheastUniversityNanjing210096China
:
Abstract 195genescodingforproteinsinfourdifferentfoldingtypeshavebeenanalyzedintermsof
, , ,
varianceanalysisinwhichthereare50genescodingforallproteins66entriesforallproteins37en
α β
triesfor + proteinsand42entriesfor?proteins.Ithasbeenobservedthatcodonusageindifferent
α β αβ
geneclassescodingfordifferentfoldingproteinsissignificantlydifferent.Similartoaminoacidpropensi
,
tiesindifferentproteinclassesfoldingtypespecificproteinshavespecifi
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