研发处将建置『生物资讯电脑教室』预计购入下列软体功能简介如下.DOC

研發處將建置『生物資訊電腦教室』預計購入下列軟體(功能簡介如下) 壹、CLC Combine Workbench(核酸序列分析系統） 貳、CLC cube-BLAST 参、單體核醣核酸多態性(SNP)與基因分型(Genotyping)分析工具--Mutation Surveyor ＆ Genemarkers規格 系統生物訊息傳導與代謝路徑分析軟體-MetaCore perpetual account license 電腦輔助藥物設計軟體-SYBYL 陸、化學圖譜分析管理軟體-ACD/Specmanager 柒、蛋白質質譜分析軟體 CLC Combine Workbench(核酸序列分析系統）用於編輯核酸或胺基酸序列，並於並列視窗中立即呈現Map，並且接受GenBank或EMBEL格式 核酸序列可進行限制脢酵素，甲基脢（Methylase）切位呈現；蛋白序列可進行蛋白 核酸序列可進行六個位置（six frame）之轉譯（Translation）工作成胺基酸序列。 核酸序列可依使用者需求設計核酸聚合酵素鏈鎖反應引子。 多種引子之設計分析方法包含多重序列比對結果設計引子（Alignment PCR），多段 提供胺基酸及核酸序列的各項生化分析功能，並可顯示基因或蛋白功能序列名稱。 可以迅速的進行多序列並列分析(Multiple Sequence Alignment)，以ClusterW的方法 胺基酸序列進行多序列並列分析後，可以呈現蛋白序列性質（Feature）並可依結果 ABI；MegaBACE；Li-Corc；MJ；Beckmen的Automatic Sequencer的資料，都可以 可輸入及輸出Phrap .ace 的檔案格式。 透過與NCBI或其他資料庫的聯結，可連結NCBI Blast; MegaBlast; PsiBlast，將序列 將多重序列依據氨基酸組成進行演化推測，並且繪製演化樹型圖。 依據序列進行分子遺傳分析與推測。 多重寡核酸序列可藉由Excel檔案格式輸入分析。 序列分析時可透過不同顏色呈現區域的差別。 可將預測的PCR產物的序列直接儲存成新的檔案。 BLAST search結果，允許一次下載所有比對相似的序列資料。 提供將串接後的核甘酸序列轉譯成蛋白質序列。 含操作手冊，安裝即在地使用教學。 使用CAP3作為DNA串接之主要程式 可自動進行序列品質管制，強不良序列去除 串接之序列結果，可重新排列並置於中央 可以去除重覆序列在串接時的干擾 資料庫格式運用基本公用格式如: GeneBank, EMBL, FASTA formate 運用Windows介面能以牽曳式輸入與輸出序列結果 可儲存50,000筆資料的容許量 所有註解結果可輸入至資料庫中 支援Excel-Formatted file 可以提供管理Gel image、sequence trace file、array image與文件格式資料 提供多元搜尋工具，可依基因序列、蛋白質序列、註解等進行搜尋；搜尋結果可以進資料庫可進行多重序列與包裹式提交至網際網路資料庫NCBI進行大規模BLAST比對 支援使用端的個人電腦提交序列至此資料庫中進行BLAST比對高效能BLAST運算平台 高速平行化運算平台，相當於25部伺服器串連（Cluster） 特殊晶片加速器並以Smith Waterman與BLAST運算法進行大規模運算 體積輕巧12*12*12 cm，並以USB 2.0接點進行數據傳輸 利用PC或NB進行數據導入與資料庫更新 全世界唯一攜帶式高速運行器 單體核醣核酸多態性(SNP)與基因分型(Genotyping)分析工具--Mutation Surveyor ＆ Genemarkers規格具有串接與排序的功能 獨特偵測功能可將原始的異核子(Heterozygote)訊號區分出來 可偵測差異僅5%以上的訊號） 可偵測因插入（insertion）與遺失(Deletion)所造成的片段偏移訊號 單次分析樣本數量可達400個 自動連結NCBI資料庫並可下載 具有自動辨識正反向(Forward, Reverse)序列功能 儲存數據以15:1壓縮比的方式，以減少儲存空間 輸出報告可以txt. xml. html多種格式輸出sequence analysis with Mutation Electropherogram Paired analysis with allele frequency report Patient Definable with automated printing of variant locations Nucleotide Consensus Text report Nucleotide variant vs. Original Base