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种经济海胆线粒体srrna基因片段的序列分析
第26卷第6期 水 产 科 学 v。1.26N。.6
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6S
5种经济海胆线粒体1 rRNA基因片段的序列分析
刘晓慧1’。,黄佳琪3,周遵春1,董颖1
(1.辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,辽宁省应用海洋生物
区海洋与渔业局,山东青岛266109)
摘要:对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA16srRNA基因片段进行
了PcR扩增和测序,得到395bp的可信片段。通过clustalx1.83和Mega3.0软件对所得线粒体16s
rRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega3.0计算
各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由
“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,
而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。
关键词:光棘球海胆;中间球海胆;海刺猬;马粪海胆;紫海胆;线粒体DNA;16SrRNA基因;序列分析
中图分类号:S968.9 文献标识码:A 文章编号:1003-1111(2007)06_0331出
海胆属于棘皮动物门、游在亚门、海胆纲,是一 表l 海胆样品采集地点与分类
类比较常见的海洋无脊椎动物,具有较高的食用、
药用和科研价值。海胆也是生物科学史上最早被
使用的模式生物,是无脊椎动物中后口动物的主要
类群代表,在进化的过程中扮演着重要的角色。近
几年,国外在应用分子标记研究海胆的种群遗传结
构及系统进化分析方面已有一些报道[1引。常亚
1.2试验方法
青M3等应用RAPD技术对几种海胆的系统进化进
1.2.1 基因组DNA的提取
行了研究。
基因组DNA的提取参照《分子克隆实验指南
笔者选用的光棘球海胆(&ro嘲如ce,啪觚nM.
第3版》J。用常规酚一氯仿抽提法提取酒精固定
d瑚)、中间球海胆(S.i凡比m豫也瑚)、海刺猬(G切£o施卅
的海胆肌肉组织的DNA。
玉伽砒fn廊)、马粪海胆(胁施om抛f琊肼£妣胛im淞)、
1.2.2引物设计
紫海胆(Amnoc池廊c榔s却iM)为目前我国海胆种类
从Genbank上搜索到马粪海胆的16SrRNA序
rRNA基
中比较有经济价值的种类,通过测定其16s
因部分序列,分析其亲缘关系的远近,对进一步利用
rRNA
体16SrRNA与其他棘皮动物的线粒体16S
线粒体DNA多态性开展我国经济海胆的种群遗传
进行比对,找到2段16srRNA的保守序列,应用引
结构分析、种质资源评价及种质鉴定具有重要意义,
物设计软件01igo6.0进行评价,设计的引物序列
可以为海胆的种质资源保护、确定合理的增养殖策
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