黑线仓鼠 PPARβ的部分序列的克隆及 SNP分析.pdf

摘 要 黑线仓鼠 （Cricetulus barabensis）繁殖力强，分布范围广，破坏性大，是我国北方 农 田 的 主 要 害 鼠 之 一 。 通 过 研 究 影 响 其 繁 殖 力 的 PPARβ 基 因 （ Peroxisome proliferator-activated receptors β ），从分子水平上揭示害鼠种群数量的波动机制，可为对鼠 害的综合防控提供新的思路和方法。 PPARβ 基因作为核受体超家族成员之一，早在胚胎发育的早期阶段就已出现，与动物 胚胎着床、胎盘的形成、胚胎发育、卵巢功能的维持等有着密切的关系。此外，在个体生 长过程中，PPARβ 分布广，对个体正常的生长发育有着重要的调节作用。本研究首次采用 基因克隆的方法分离黑线仓鼠 PPARβ 部分序列，同时对黑线仓鼠种群内部分序列进行了单 核苷酸多态性（SNP）分析，为黑线仓鼠种群暴发机制的研究从分子水平上提供理论依据。 本研究以捕获于山东省的黑线仓鼠为研究对象，用 RT-PCR 方法克隆 PPARβ mRNA 外 显子 4-7 的部分序列480bp （GenBank 登录号：JN662960 ），并对其核苷酸和氨基酸序列、 二级结构、空间结构进行了生物学分析和预测。在其结构分析过程中发现了特殊的结构区 域：锌指结构。在蛋白质二级结构中 Alpha 螺旋占很大比例，但锌指结构则位于较小的疏 水性区域中。将得到的黑线仓鼠 PPARβ mRNA 序列与其他物种 PPARβ 中相对应的mRNA 序列进行同源性比对，并利用不同的方法构建了系统进化树，结果显示黑线仓鼠与啮齿目 的金仓鼠(Mesocricetus auratus) 、大鼠(Rattus norvegicus) 、小鼠(Mus musculus)亲缘关系最 近，与野猪(Sus scrof) 、牛(Bos Taurus) 、兔(Oryctolagus cuniculus)等哺乳动物亲缘关系较远， 与人亲缘关系最远，这一结果与以上物种之间的传统分类进化关系相一致，说明 PPARβ 在进化上相对比较保守。 本研究还首次用 PCR 法克隆并检测了山东地区 30 个黑线仓鼠的 PPARβ 基因部分序列 （297bp ）的多态性，该序列包括外显子 6 （175bp），内含子6 （104bp）和外显子 7 （18bp）。 利用 DnaSPv5.0 软件分析发现，该区段共有 11 种单倍型，10 个多态位点，其中外显子 6 中有 6 个，内含子中有 4 个。分析该区段发现，转换有 9 个，颠换 1 个。PPARβ 基因外显 子区域碱基发生突变的概率较大，引起编码的相应的氨基酸发生改变。这与从人上研究该 区域的结果相一致，也许与其功能有着密切的关系。丰富的单核苷酸多态性为种群遗传多 样性提供了可能性，进而使物种能够更好的适应外界环境。 本研究对黑线仓鼠繁殖相关基因——PPARβ 进行了分子生物学方面的研究，研究结果 将为从分子生物学角度寻找控制黑线仓鼠数量及其危害性的有效方法提供借鉴。 关键词：黑线仓鼠；PPARβ 基因；克隆；SNP；繁殖 I 曲阜师范大学2009 级硕士研究生 ABSTRACT Cricetulus barabensis ，wide distribution, the destructive wait for a reason, be in the north of the advantage of the farmland against one of the rat. Begin with breeding genes, from molecular level reveals harmful rat population fluctuation mechanism, provide new ideas for comprehensive prevention and control the rat. This paper is mainly on the reproducive