EST数据分析.pdf

基因序列分析技术基因序列分析技术 伦永志 大连大学医学院大连大学医学院 目录 第一讲 生物信息学导论 第二讲 序列的获取 第三讲 序列的相似性查询 第四讲 多序列比对 第五讲第五讲 分子进化分析分子进化分析 第六讲 EST数据分析 第七讲第七讲 基因结构分析基因结构分析 第八讲 基因功能注释 第九讲 蛋白质结构分析 电子克隆 基因定位与表达谱分析 电子克隆 电子克隆 表达序列标签 （Expressed Sequence Tag， EST） 是指从cDNA文库中随机挑 取单克隆进行测序所获得的序列取单克隆进行测序所获得的序列片段片段 ，，长长 度一般约为60-500bp。 ESTEST数据具有简便易得的优势数据具有简便易得的优势 ，通常作为通常作为 基因标签应用于绘制物理图谱和转录图 谱、识别基因、电子克隆、预测基因和分 析基因表达水平等析基因表达水平等 。 电子克隆 电子克隆是利用生物信息学技术组装延伸 EST序列，获得目的基因的部分乃至全长 cDNA序列序列。。 首先以一条EST数据作为查询探针，在数 据库中进行同源性查询据库中进行同源性查询 ，获取高度同源的获取高度同源的 EST数据进行序列拼装以构建重叠群，然 后以此重叠群（contig）为种子序列重复 搜索搜索 、拼接使序列获得延伸拼接使序列获得延伸 。 httpp://ppbil.univ-lyyon1.fr/capp3.pphpp 电子克隆 对contig再次比对后未发 现新的高相似度EST序列 电子克隆 为获取较多的EST序列，除blastn外，还 可以选择tblastx及tblastn程序。 EST序列质量对拼接结果有影响序列质量对拼接结果有影响。。EST序序 列的E值要尽量小，并且数量要适度。 利用利用 UUniivec数据库进行数据库进行 blblastt比对来发现比对来发现 并去除载体序列。 电子克隆结果尚需要采用RT-PCR并配合 NNorthernorthern BlotBlot或或RACERACE等方法加以验证等方法加以验证 。 电子克隆 电子克隆 基因定位与表达谱分析 1 1 2 4 6 8 0 2 0 0 0 0 0 0 0 adipose tissue adrenal gland ascites bladder blood bone bone marrow brain cervix connective tissue ear eembryonic tissue esophagus eye heart intestine kidney larynx liver lung lymph lymph node mmammary gland mouth