人类群体遗传学—第七讲.ppt

人类群体遗传学基本原理和分析方法 中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所 第五讲 单倍型估计及连锁不平衡分析 第五讲 基本概念 连锁不平衡原理及其统计量 影响连锁不平衡的因素 连锁不平衡在基因定位研究中的应用 基本概念 遗传多态性（Genetic polymorphism） 指在一个群体中，同时存在的两种或两种以上的变异类型，每种类型的频率比较高，一般认为每种变异型超过1％即可定为多态现象，不足1％的称为罕见变异型，或者称为突变（mutation）。 人类存在多种遗传多态现象（多态性），主要有染色体多态性、酶和蛋白质多态性、抗原多态性的DNA多态性五类。  单核苷酸多态性 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP，读作 “snip” ),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每300～600个碱基对中就有1个，估计其总数可达1000万个甚至更多。????SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。????理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的（biallelic）。 genotype From genotype to haplotype Reconstruct haplotype from genotype CLARK’S algorithm Parsimony-based method E-M algorithm Likelihood-based method PHASE algorithm Bayesian method Reconstruct haplotype at individual level 00100111010101000001111101011011111111110100100001010101110110000111011000001101110011111000010 00101111111010111110100010100100000000100001100000110100011100110000000011111100110001000100000 00101111010101000001111101011010111111110101001001000000000101000000000000001100110001000100000 11010111010101000001111101011010111111110100111100011111110101000001100011111100110001000100000 00100111010101000001111101011011111111110100100001010101110110000111010000001000001100010011011 11010011010101000001111101011011111111110100000011000000000000010000000100000100110001000100000 00101111010101000001111101011010111111110100101001000000000101000000000000001000001100010011011 11010000000000000000000000000000000000001000000011000000000000010000000100000100110001000100000 00000000000000000000000000000000000000001010000011000000000000010000000100000100110001000100000 11010111010101000001111101011010111111110100101001000000000101000000000000001000001100010011011 00000000000000000000000000000000000000001000100000110100011100101000000000001000001100010011011 001011111110101111101000101001000000001000011000