Materials Studio软件常见问题与解答.pdf

目 录 Q1 ：为什么使用Discover 进行 Dynamics 计算时，如果设定了 Pressure=1GPa ，在计算结果中会出现 Pressure 等于 0，而 Stress 的XX 、YY 、ZZ 方向为 1GPa 的情况？ 4 Q2 ：如何在Discover 计算中分别对相同环境原子分配不同力场类型？ 4 Q3 ：如何在CASTEP 计算中限制某个原子的移动方向？ 4 Q4 ：在安装新的 MS 时，事先没有停掉 License Server，在卸载、安装 MS 后，发现 MS 的License Server 无法正常启动。 5 Q5 ：如何修改Windows 或者 Linux 下的端口号： 5 Q6 ：如何使用DMol3 进行动力学计算？ 6 Q7 ：如何让Discover 程序输出.arc 文件？ 7 Q8 ：如何使用rattle 关键词来限制水分子的几何结构？ 7 Q9，如何使用 Standalone 方式运行 DMol 程序？ 7 Q10 ：如何在DMol 中加入外界电场？ 7 Q12，如何以 Standalone 方式运行 Discover 作业？ 8 Q13 ：为什么我在QSAR 模块中无法找到新加入的 Jurs 和 DMol3 描述符？ 8 Q14 ：如何在DMol 模块中，对某一分子只允许其沿着 Z 方向进行优化，而 XY 方向则不变？ 8 Q15 ：如果CASTEP 计算过程中断电，怎么能够重新开始计算呢？在Keywords 中有两个关键词Reuse 和 Continuation，它们有什么差异呢？ 8 Q16 ：如果我在Cleave 一个平面的时候，选择的是(111)面，或者该晶体原来就是一个三斜晶胞，我 怎么才能切出一个长方形的表面来呢？ 9 Q17 ：在使用 DMol 进行结构优化的时候失败，通过对轨迹的回放发现，整个分子在平面上下进行 翻转，并由此导致能量振荡，这种情况应当如何处理？ 9 Q18 ：如何使用XRD 数据快速建立相关的晶体结构。 9 Q19 ：如何在DMol 中考虑溶剂化效应？ 10 Q20 ：如何使用MS 软件计算高分子的玻璃化温度？ 11 Q21 ：在使用 MS 进行计算的时候，中间的 xcd 文件无法及时更新，而其他文件则能正常显示，为 什么？ 12 Q22 ：怎么样在MesoDyn 中加入各种不同的限制？ 12 Q23 ：MS 给出的 DOS 和能带图不是很清楚，我能不能自己来做图？ 12 Q24 ：怎么样能让CASTEP 在并行计算时更有效？ 12 Q25 ：在使用DMol 计算过渡态结构时，经常会发现出现不止一个虚频，怎么回事？ 13 Q26 ：怎么在Altix350 上安装 MS 的Castep 和 DMol 的补丁加速运算速度？ 13 Q27 ：为什么我在Linux 下安装 license 的时候，总是报错呢？ 13 Q28 ：在使用 SGI Altix350，打补丁后运行RunCASTEP.sh –np n seedname 的时候，出现错误： MPI ：asgetnetinfo_array((null)) failed : array services not available，怎么解决？ 14 Q29 ：MS 的GFA 是怎么对参数进行杂交的？参数多少与内存有无关系？ 14 Q30 ：DFT 方法对计算量和内存的要求是什么样的？ 15 Q31 ：为什么当 DMol3 在我机器上运行过的时候，总是出现以下错误：floating-point assist fault ？ 16 Q32 ：在使用DMol3 算频率的时候，突然断电了，怎么才能继续算频率呢？ 16 Q33 ：在Castep 模块中，Electronic 中的Pseudopotential representation ，有Real Space 和 Reciprocal space，如何取舍？ 17 Q34 ：如何从Discover 的输出文件中查看每桢中原子的坐标以及速率等信息？ 17 Q35 ：我使用的是 Standalone 方式进行 Castep 和 DMol3 计算，完成后怎么才能看到最终结构和轨迹 呢？ 17 Q36 ：DMol 中有TS Conform