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(WORD精校高清重绘版解析)2014高考安徽卷化学
AIM2000 ver2.0简明使用教程 文/Sobereva Last update: 2010-MAR-13
本文主要介绍AIM2000的基本使用,关于AIM理论就不多谈了。相对于其它AIM软件,AIM2000的优点是界面友好,简 单易用,缺点是原子盆积分速度偏慢(AIMALL快得多)。建议用ver 2.0,相对于ver 1.0作了一些改进,因此更好用,比如界面、默认设置等等,尤其是新加入envelope图的支持。官方网站上有demo版(http://www.aim2000.de),用起来和正式版在功能上没区别,但是最多只能载入8个核、14个轨道、128个高斯函数的体系,没太大实用价值。
安装后在aim2000hlp目录下有一个手册aim2000.chm,介绍每一个选项的功能;有一个教程tutor.chm,以C4H4为例图文 并茂地介绍做各种图;在AIM2000目录下还有个aim2000V2UsersGuide.pdf ,罗列了AIM2000具备的功能,并对程序中 涉及的每个函数进行了简略介绍。下文示例的波函数是自带的C4h4.wfn。
1. 预备知识
1.1 窗口 主界面左上角是控制窗口。可以选择感兴趣的原子,被选择的原子在3D窗口中会显示以这个原子为中心的坐标轴,原子盆积分也将对这个原子积分;可以选择原子间面用作原子间面积分;可以选择函数,默认是电子密度,如果想对别的函数进行分析则选择相应函数,此教程的示例都是对电子密度进行讨论。如果之前已经对某些函数做了一些图,选择相应函后,在Plots for this density function里面就可以选择对这个函数已做过的图,同时显示在2D窗口中。
主界面右上方是记录窗口。Record菜单中选其中一项,就会在这里显示已计算的项目的细节信息,然后可在file-print preview里面看到这些内容的打印预览。
主界面下方是2D窗口,通过Plot菜单的功能做的图,即分子图、等值线/梯度线图、Relief图,都显示在这个区域。 独立存在的一个窗口是3D窗口。在ver 1.0中这个窗口是内嵌在主界面的。
1.2 3D窗口中的操作
z是放大,x是缩小,空格是重置视角,方向键平移体系,s保存图像 (.bmp),a和m分别控制是否显示原子和分子的坐标 轴。按shift和ctrl可以分别增加平移、缩放的速度,按Tab重置速度。b、r、g分别控制是否显示键、环、笼的路径。
3D窗口中点右键可以选择是否显示坐标轴(红/绿/蓝=X/Y/Z),是否显示各种类型临界点和路径,可??增加或减小平移、缩放的速度。还可以设定背景颜色,如果用于文件插图,建议将背景设成白色。
3D窗口中直接双击原子、临界点或者临界点连线,可获得相关信息。如果是临界点,会有Analyse按钮,点击它可分析 此临界点的具体性质。
1.3 2D窗口中的操作
a控制是否显示坐标轴,b控制是否显示图像边界,L控制是否显示标签(比如显示的坐标),n重新做当前的图,t控制是否显示标题。
按住m上下拖动鼠标可缩放图像,按住p上下左右拖动鼠标平移图像,按住x或y或z分别上下、左右、上下拖动鼠标使图像分别绕着x或y或z轴旋转,按空格恢复初始视角。对于等值线这样的纯平面图只能按着z来拖动鼠标旋转。
如果想在图中某处添加文字,在图上点右键可在相应位置添加。
1.4 其它
主菜单Calculation-Properties of density function可以任意输入某个坐标,得到此点的信息,如密度、梯度、Hessian。注意AIM2000中的拉普拉斯值(L, Laplacian of Rho)的定义与常规的不同,在AIM2000中它是电子密度的Hessian矩阵的迹乘以-0.25,而常规定义不乘以-0.25。
File-Save可以将波函数信息连同当前已经运算的所有数据保存到.aim文件中。 Option菜单中包括此程序各个功能涉及到的所有设定。但也可以在相关功能的窗口中点Option按钮进入对应的设定。 AIM2000中的数据用的是原子单位,故坐标是以波尔半径为单位(1bohr=0.52917720859埃)。 后文用cp代表临界点(critical point)。
2. 获得波函数文件
波函数文件可以由很多量化软件计算获得。在高斯中,Route Section输入output=wfn,在Molecular Specification最后输 入比如c:\gtest\1.wfn,计算完成后即得到波函数文件1.wfn。高斯默认使用SCF电子密度,所以如果用后HF方法,应当 加上density=current,如果是DFT方法则不需要加这个关键词,因为DFT密度就是SCF密度。对于GAMESS-US,$contrl里加AIMPAC =
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